求助：模拟结束蒙脱石晶胞变形

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-5-21 10:07:48

老师们好，一张图是我的初始构型（两边是蒙脱石黏土，中间是NaCl溶液），一张图是模拟过程其中的一帧，我发现晶胞变形而且有蒙脱石中的原子跑向中间的溶液，这是正确的吗，还是我itp文件出现错误了

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-21 14:40:36

取消显示溶液部分，用licorice之类便于观看结构的方式显示，如果看到本来应该是刚性的结构部分都变形了，就是itp有问题

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-5-21 17:50:17

大概率是力场参数没搞对
把拓扑文件贴上来看看

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-5-22 16:16:52

Na.itp (245 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

Cl.itp (244 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

H2O.itp (957 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

mon.itp (154.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-5-22 16:17:46

萌新杨同学发表于 2023-5-21 17:50
大概率是力场参数没搞对
把拓扑文件贴上来看看

我把拓扑文件贴到下边了，谢谢

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-5-22 16:22:53

本帖最后由 wuxiaofei 于 2023-5-22 19:24 编辑

sobereva 发表于 2023-5-21 14:40
取消显示溶液部分，用licorice之类便于观看结构的方式显示，如果看到本来应该是刚性的结构部分都变形了，就 ...

老师，这是我去掉溶液按照Licorice显示的图像

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-23 02:02:19

用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生slab的拓扑文件，里面所有参数都用sobtop自动猜的刚性参数，看看是否能跑成功、是否结构能维持好

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-5-25 09:21:40

sobereva 发表于 2023-5-23 02:02
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生slab的拓扑文件，里面所有参数都用sobtop自动猜的刚性参 ...

谢谢老师，我已经解决了，我检查了拓扑文件发现里边有缺失和计算错误，现在已经正常模拟显示，但是模拟结束后我想计算Z轴方向水密度的分布，但是出错了，这种该怎么解决啊

Command line:
gmx density -f npt.xtc -s npt.tpr -n index.ndx -sl 350 -o density.xvg -d Z -dens number
Reading file npt.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Select 1 group to calculate density for:
Group 0 ( System) has 6544 elements
Group 1 ( Other) has 6428 elements
Group 2 ( mon) has 1280 elements
Group 3 ( Water) has 5148 elements
Group 4 ( Na) has 70 elements
Group 5 ( Cl) has 46 elements
Group 6 ( Ion) has 116 elements
Group 7 ( mon) has 1280 elements
Group 8 ( Water) has 5148 elements
Group 9 ( Na) has 70 elements
Group 10 ( Cl) has 46 elements
Group 11 ( Water_and_ions) has 5264 elements
Select a group: 3
Selected 3: 'Water'
Reading frame 15 time 750.000
-------------------------------------------------------
Program: gmx density, version 2020.3-MODIFIED
Source file: src\gromacs\pbcutil\mshift.cpp (line 904)
Fatal error:
There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 6544 atoms. The longest distance involved in such interactions
is 3.860 nm which is above half the box length. This molecule type consists of
muliple parts, e.g. monomers, that are connected by interactions that are not
chemical bonds, e.g. restraints. Such systems can not be treated. The only
solution is increasing the box size.

复制代码

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-26 05:04:33

wuxiaofei 发表于 2023-5-25 09:21
谢谢老师，我已经解决了，我检查了拓扑文件发现里边有缺失和计算错误，现在已经正常模拟显示，但是模拟结 ...

如果不是矩形盒子，基于矩形盒子模拟和分析
或者自己写VMD脚本计算密度曲线

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-5-26 08:58:43

sobereva 发表于 2023-5-26 05:04
如果不是矩形盒子，基于矩形盒子模拟和分析
或者自己写VMD脚本计算密度曲线

老师我用的是矩形盒子报错了，我将溶液的轨迹单独提取出来能够计算，这样结果能用吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-27 07:21:02

wuxiaofei 发表于 2023-5-26 08:58
老师我用的是矩形盒子报错了，我将溶液的轨迹单独提取出来能够计算，这样结果能用吗

能

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-5-29 09:44:43

sobereva 发表于 2023-5-27 07:21
能

好的，谢谢老师

刘倩 · 发表于 Post on 前天 14:35

本帖最后由刘倩于 2026-1-21 14:42 编辑

求助，为什么按照蒙脱石教程一步步来，产生的轨迹文件放入vmd,它会变成这样，像键被拉长

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