求助用cp2k跑限制性动力学参数设置

chen0201 · 发表于 Post on 2023-5-24 16:42:58

本帖最后由 chen0201 于 2023-5-24 16:54 编辑

请问各位老师，用cp2k跑限制性动力学参数设置，首先是关键词MYDIST，找不到相应的解释和设置说明。还有就是一般文献用的[size=10.0001pt]the collective variable (CV) 的设置在输入文件如何体现呢？以官网的NaCl解离为例，该如何设置[size=13.3335px]COORD相关[size=10.0001pt]参数呢？

s345538842 · 发表于 Post on 2023-5-24 19:04:17

MYDIST 是你自己设定的距离，是要替换成你设定的具体数字的

chen0201 · 发表于 Post on 2023-5-25 09:19:31

s345538842 发表于 2023-5-24 19:04
MYDIST 是你自己设定的距离，是要替换成你设定的具体数字的

谢谢您的回复，是直接改成我想设置的两原子的距离范围，比如 1.9 3.9吗？

s345538842 · 发表于 Post on 2023-5-25 09:39:38

chen0201 发表于 2023-5-25 09:19
谢谢您的回复，是直接改成我想设置的两原子的距离范围，比如 1.9 3.9吗？

只能能设置成一个数值，多个距离就要多次计算

chen0201 · 发表于 Post on 2023-5-25 10:11:16

s345538842 发表于 2023-5-25 09:39
只能能设置成一个数值，多个距离就要多次计算

那请问类似文献中的内容的话，该如何设置呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-26 03:53:42

参考这页北京科音CP2K第一性原理计算培训班ppt举一反三。手册里colvar部分有具体的设置方式说明

chen0201 · 发表于 Post on 2023-5-28 10:34:54

sobereva 发表于 2023-5-26 03:53
参考这页北京科音CP2K第一性原理计算培训班ppt举一反三。手册里colvar部分有具体的设置方式说明

谢谢老师耐心回复，我自己测试了一个，但是感觉计算出来不对，想做的是cp2k做增集采样，类似于PMF的，麻烦老师帮我看看我的输入文件可以吗？

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