使用antechamber工具的疑问

dark_cosmos

在利用antechamber生成小分子top文件时，遇到这样的问题：我是利用acpype.py将mol2文件转化的。但是转化前后发现原子上面的电荷都改变了。
在mol2文件中H原子的电荷：
@<TRIPOS>ATOM
     22 H1          0.9439  -37.3071   16.7474 H         1 EFZ999      0.1571
     23 H2         -1.2230  -36.0789   17.2546 H         1 EFZ999      0.0637
     24 H3         -2.7901  -35.3540   19.0503 H         1 EFZ999      0.0633
     25 H4          0.0712  -36.3918   22.0502 H         1 EFZ999      0.0637
     26 H5          4.1174  -36.4186   24.5061 H         1 EFZ999      0.0433
     27 H6          4.1322  -34.3764   22.3511 H         1 EFZ999      0.0277
     28 H7          4.9470  -34.1923   23.9414 H         1 EFZ999      0.0277
     29 H8          2.8407  -34.4039   25.0450 H         1 EFZ999      0.0277
     30 H9          2.0259  -34.5881   23.4547 H         1 EFZ999      0.0277
在itp文件中H原子的电荷：
[ atoms ]
;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
    22   hn     1   EFZ    H1   22     0.356500      1.00800 ; qtot -0.907
    23   ha     1   EFZ    H2   23     0.149000      1.00800 ; qtot -0.758
    24   ha     1   EFZ    H3   24     0.156000      1.00800 ; qtot -0.602
    25   ha     1   EFZ    H4   25     0.170000      1.00800 ; qtot -0.432
    26   hc     1   EFZ    H5   26     0.103700      1.00800 ; qtot -0.328
    27   hc     1   EFZ    H6   27     0.081950      1.00800 ; qtot -0.246
    28   hc     1   EFZ    H7   28     0.081950      1.00800 ; qtot -0.164
    29   hc     1   EFZ    H8   29     0.081950      1.00800 ; qtot -0.082
    30   hc     1   EFZ    H9   30     0.081950      1.00800 ; qtot -0.000
可以很明显看到两者不同，不知道这个过程是怎么样计算的

dark_cosmos

看了文章ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interfacE，原来是没有指定电荷会默认使用Gasteiger：If not given, ACPYPE will use the Gasteiger method [24] to guess the charge.
加上-c user就会使用自己的电荷了。