求助：如何作出表面活性剂末端基团的SDF

Jus

各位大佬好，想要得到表面活性剂末端基团的SDF，并如图一样将表活剂和末端基团周围的水化层可视化。尝试过gmx spatial，将中心设置为末端基团，但这样表活剂不会显示，而且基团周围的水化层稀碎，不像图中的圆滑。感谢大佬们指点纠正

sobereva

可能性很多
诸如没有处理轨迹消除头部基团的平动转动、采样不足
头部基团没显示纯粹是VMD等可视化程序里的设置问题，跟gmx spatial毫无联系

Jus

sobereva 发表于 2023-6-17 11:32
可能性很多
诸如没有处理轨迹消除头部基团的平动转动、采样不足
头部基团没显示纯粹是VMD等可视化程序里 ...

非常感谢老师的回复，我做出来的效果是不同isovalue下的图1和图2，我想做出图3老师您这样的平滑且均匀的图像。
我的操作命令如下：
1、gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -n index.ndx -o md_cnt.xtc -center -ur compact -pbc mol，Select group for centering选表活剂末端基团（中心分子组），Select group for output选System.
2、gmx trjconv -s md.tpr -f md_cnt.xtc -n index.ndx -o md_cnt_fit.xtc -fit rot+trans， Select group for least squares fit时选择中心分子组, Select group for output时选择System组
3、gmx spatial -s md.tpr -f md_cnt_fit.xtc -n index.ndx -nab 80 -b 15000 -e 20000，Select group to generate SDF时选择的所有的水分子, Select group to output coords (e.g. solute)时选择中心分子组
4、将grid.cube文件拖入VMD，选择isosurface显示方式，调节isovalue为一个合适的值
想请问下sob老师，如果我的步骤没有问题，那我做出这种零碎效果的原因，会不会是我原文件(xtc.和tpr.)的问题，比如xtc的轨迹数不够多，我模拟了10ns，输出了两万帧，会不会不够导致SDF不够平滑和均匀？
感谢老师的指点

sobereva

Jus 发表于 2023-6-17 22:17
非常感谢老师的回复，我做出来的效果是不同isovalue下的图1和图2，我想做出图3老师您这样的平滑且均匀的 ...

你先检验一下给spatial用的轨迹里是否确实头部一直固定在同一个位置，并且在头部附近始终是有水的充分包裹的。如果能确认这一点，图像太糙就是格点间距太大，以及帧数不够多所致。我的ppt里那个例子用了50000帧

gmx spatial产生sdf时没有考虑平滑化过程，这导致得到比较光滑的图像需要的帧数非常多。用VMD的volmap产生sdf时可以用Gaussian函数平滑化，这样用较少的帧数得到的图像质量就能比较满意。参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班ppt：

呀芽芽

Jus 发表于 2023-6-17 22:17
非常感谢老师的回复，我做出来的效果是不同isovalue下的图1和图2，我想做出图3老师您这样的平滑且均匀的 ...

你好，我遇到了和你一样的情况，请问你最后怎么解决的啊？