求助：如何对聚合物单体上的同种原子进行划分，如C1、C2、C3，并统计与其成键数。

耿无敌

在阅读一篇文献时遇到了一些问题。这项研究使用reaxff力场在lammps中对纤维素进行拉伸模拟，观察纤维素链的失效机制，对不同种类的失效的共价键数量进行了探究。我在ovito中使用create bond模块，通过设置不同共价键的截断半径可以观测到不同共价键的失效情况，如（C-C,C-O,C-H,O-H)，我每次生成一种键，记录其数量的变化。但是无法做到像他这么细致，一种C-C键还能根据在单体中的位置分为好几种（C1-C2,C2-C3)，并计算其失效数量。
请教各位老师以下两个问题。1、如何能实现这种结果，在VMD等其他软件能实现吗
2、我统计键的方法可行吗？
图一 纤维素单体中不同原子的命名。



图二.拉伸过程中的共价键失效数量。

sobereva

原理上用VMD结合自己写的tcl脚本可以实现。循环每一帧，重新判断成键关系，对每种原子名的循环与之成键的其它原子，从而检查不同原子名组合之间的键都有多少

耿无敌

sobereva 发表于 2023-6-23 01:18
原理上用VMD结合自己写的tcl脚本可以实现。循环每一帧，重新判断成键关系，对每种原子名的循环与之成键的其 ...

谢谢老师的解答，我去试试。