用gromacs计算聚乙烯熔点的疑问

古德猫宁341 · 发表于 Post on 2023-6-24 13:06:35

各位老师好，我想用gromacs模拟计算聚乙烯的熔点。由于熔点是一个相变点，在熔点附近体系的密度会发生明显的变化，因此我想用体系的温度和密度进行作图来计算熔点。请问这样的思路是否可行？
我尝试了将聚乙烯从300K以10K/ns的速率升温至700K，每隔10K进行5ns的npt，然后导出npt中最后1ns的密度求平均值。如图，我在580K-590K之间观察到了密度的明显变化。我的体系是聚合度为250的直链聚乙烯，总链数为36，使用的力场是OPLS联合原子力场。但是聚乙烯的熔点一般在350K-450K之间，我模拟的结果明显偏高了。请问是我模拟的方法或者过程有问题，还是和力场参数有关？
请各位老师指教，谢谢。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-6-24 17:08:48

1. 初始的结构不是晶体
2. 每一步的时间还太短

古德猫宁341 · 发表于 Post on 2023-6-24 18:49:11

slxc920113 发表于 2023-6-24 17:08
1. 初始的结构不是晶体
2. 每一步的时间还太短

感谢老师您的回答，能请您说得详细一些吗？要怎么生成初始结构比较合理？我的初始结构是用MS中的聚合物模块进行建模，然后在gromacs中跑了em，在800K的温度下跑了10ns的NVT和20ns的NPT，最后降温至300K。
关于模拟时间的问题，由于体系中原子数量比较多，步长大了之后模拟时间会很长，同时我也不清楚步长设为多大才比较合适，能请老师您给一些建议吗？谢谢

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