公社群聊Q&A整理：2016.07.07 02 ~ 2016.07.09 02 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-30 15:48:46

相关概况可阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

暂无全文附件

本次附件（附件内容与下文一致）：

2016.07.07 02 ~ 2016.07.09 02 Concate.txt (49.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

2016.07.07 01:46:28
Q:
嘿嘿，不好意思，再请问老师，我是可以用这种情况下的alpha和beta的HOMO和LUMO轨道图来分析亲核和亲电性吧
A:
判断亲电你用福井函数、双描述符多好，比用轨道考察严格多了，也没有这种含糊性
----------------------------------------------------
2016.07.07 02:08:34
Q:
[图片]弱弱的问一句，这种反应能垒图用什么软件可以做的美观一点......
A:
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320
----------------------------------------------------
2016.07.07 05:43:18
Q:
各位大神，请问MS可以设置温度吗，我想分别在300K, 400K, 500K下计算频率，这能实现吗？谢谢，请各位帮忙解答一下
A:
频率和温度是无关的，只有热力学量才和温度有关
----------------------------------------------------
2016.07.07 07:59:03
Q:
求问molden文件怎么打开啊？
怎么看homo lomo
A:
Multiwfn可以打开.molden文件看轨道
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2016.07.07 16:38:49
Q:
[图片][图片]怎么破？@LiYuanhe
A:
opt=cartesian
----------------------------------------------------
2016.07.07 16:39:02
Q:
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134 网页打不开
A:
说打不开的多刷几遍
----------------------------------------------------
2016.07.07 17:13:32
Q:
sob老师，multiwfn画分子轨道的那个算法怎么实现的？
A:
先产生轨道波函数的格点数据，然后调用图形库显示成等值面
Q:
计算量很大啊
图形库用的gnuplot
等值面是不是要自己处理出来？
A:
计算量没多大，比如80*80*80个点，对小体系，4核也就几秒、十几秒钟就能算出来
有了格点数据后传给dislin图形库相应子程序就直接绘制出来了。
----------------------------------------------------
2016.07.07 17:24:07
Q:
[图片] 用Gamess进行能量分解得到的总能量是正的，怎么解决？
[图片]这是输入文件，下面的是赝势基组部分
A:
主要是MP2色散能算得明显有问题
----------------------------------------------------
2016.07.07 17:24:07
Q:
老师，为什么[图片]计算BSSE时没有类似这样的结果[图片]只有[图片]，是因为自定义基组的原因吗？
A:
用最新g09版本
不要写可耻的maxcyc=几百
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
A:
显然原子没列全，下面还有
或许基组或赝势定义有问题
Q:
是的，sob老师，需要都粘贴过来吗
A:
说不清楚就上传完整输入文件
Q:
Maxcyc已经被社长批的体无完肤了
A:
上传到群共享，不是发私窗
Sn用的什么赝势基组？
Q:
Sn用的aug-cc-pvtz-pp
A:
非金属原子换成cc-pVTZ，Sn换成SDD再试试
----------------------------------------------------
2016.07.07 17:32:47
Q:
有人买了vasp版权吗？多少钱啊？怎么买啊？谢谢
谢谢。不知道群里有买过的人没？
A:
你可以直接从VASP官方订购，也可以从国内代理买
据说六七万软妹币
----------------------------------------------------
2016.07.07 17:38:31
Q:
用多功能波函数进行拓扑分析找关键点怎么找不到了，之前还能找到[图片]
A:
那叫临界点不叫关键点
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
“多功能波函数”叫Multiwfn
Q:
嗯，临界点
A:
操作流程不对，或者输入文件有问题
Q:
可是昨天这样操作还能找到啊，同一个文件
A:
那谁知道，只有自己清楚昨天是怎么操作的
正规操作流程例子这里写着
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
----------------------------------------------------
2016.07.07 17:39:51
Q:
老师您好，我在计算同一个结构的一阶超极化率时发现，有限场方法下的结果为28904 a.u.，CPHF的结果为94993 a.u.，其它结构两种方法没有差很多，像这种情况是为什么呢？@Sobereva
A:
肯定解析导数的精确有限场的烂
有限场的结果和解析导数的结果误差大必然是有限场计算时候哪里不合理，或者计算过程缺乏可比性（朝向不对之类）
----------------------------------------------------
2016.07.07 17:43:06
Q:
官方订购和国内代理买价格是差不多吗？听说官方订购只有几千美元。不知道真假，
A:
直接官方订购会便宜些
Q:
那为啥大家还那么多国内代理
是官方订购不好报销吗
A:
是主要原因之一
----------------------------------------------------
2016.07.07 17:49:20
Q:
[图片]请问老师，这个安装的时候路径应该怎么输啊
A:
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
屏幕上提示很清楚了，例子也给了，让你输入输入文件的路径，你输这个什么意思？
Q:
[图片]怎么进入这种操作界面啊
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
[图片]我下载的只有这些文件
A:
手册第四章一堆例子，tips博文里提了
先看tipstipstips
Q:
请问哪位老师可以指导一下
A:
manual is your teacher
Q:
不能有路径上不能有中文吧
A:
可以有中文
输对了就行
Q:
那就是路径输入有误了
A:
显然是
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:03:51
Q:
请教一下大家，[图片]，可以通过高斯预测左边苯环上的反应位点么，那个位置最容易
进行取代反应
A:
用multiwfn实现，原理看群共享《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》以及
幻灯片：Predicting reactive sites （反应位点的预测）
http://sobereva.com/234
Multiwfn支持的预测反应位点的方法在手册4.A.4节有review，并且提供了例子
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:06:01
Q:
请问各位老师，我优化过渡态时，结果正常结束，且发生了断键成键趋势，但是结构频率中未出现虚频，这是怎么回事？
使用了opt=(calcfc,ts,noeigen) 关键词
A:
肯定还是过渡态没找对，要么振动分析时用的不是你刚找的过渡态结构
Q:
哦，应该是这个过渡态没找对，不过做了好几个结构最终优化出来都是这样
是不是可以理解为这个结构是比较稳定的中间体
A:
可能是
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:11:59
Q:
[图片] sob老师，查了以前计算的体系，加上上面这个关键词，能量就是合理的，但是我在算Sn的时候加上这个关键词，就出现错误[图片]。我该换基组，还是我用的这个关键词用错了呢？
A:
如果加上那个就合理说明GAMESS默认用的冻核方式不适合当前体系，这样不冻核就正确了
不冻核会增加资源消耗量，貌似内存要求量超了，把基组改小再试
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:19:14
Q:
[图片]大家好，刚看了篇文献，它这样说电场方向，是不是错啊？一般不是电场正的方向是从正电荷方向到负电荷方向吗
A:
有的人或程序用的电场定义就是和习俗反的，偶极矩也一样。文献里为避免混淆特意声明了他用的习俗
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:19:40
Q:
%nprocshared=4
%mem=200MW
%chk=TM1ET.chk
# td=(nstates=50,root=1) cam-b3lyp/6-31+g(d,p) iop(9/40=4)
老师
计算激发态时候用如下输入
“%nprocshared=4
%mem=200MW
%chk=TM1ET.chk
# td=(nstates=50,root=1) cam-b3lyp/6-31+g(d,p) iop(9/40=4)”
计算没有收敛，采用哪种方法处理比较好？
“>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(RCAM-B3LYP) = -2052.79411657 A.U. after 129 cycles
NFock=128 Conv=0.26D-06 -V/T= 2.0096
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in [表情]/apps/gaussian/g09_D01/g09/l502.exe “
A:
去掉弥散
不是里德堡激发甭用弥散。要比6-31G*好就用6-311G*
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:20:26
Q:
[图片]
A:
内坐标格式不对
Q:
[图片]老师，这样可以吗
A:
可
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:30:17
Q:
intrinsic energy barriers and Gibbs free energy barriers
有何区别？
A:
前者这个词有含糊性，可能指内能能垒或者电子能垒
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:31:08
Q:
[图片] 这是个什么东西？
哈哈~我也出现过
名人名言呢？
哈哈】
A:
大惊小怪
Q:
[图片]这种东西，还不如说一句名人名言来的有趣
[表情]跑10万次l9999看都有啥
10万次？
A:
直接看源码即可
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:40:47
Q:
老师，我计算td，f=0，但这个吸收实验有，其他的和实验偏差太大了。这个能不能用？
td，auzccpvtz
aug
A:
基组对结果没那么大影响，光说基组没用
用的结构、泛函才是关键
直接拿模拟的光谱和实验光谱比，不要光看某个态
Q:
m062x，b3lyp 2个都用过，结构优化没虚频。和实验偏差90个nm能用么？
A:
曲线形状接近是关键，而不是绝对偏差
Q:
就30多个的有机体系，所以才奇怪，他们的吸收谱不是溶液测试的。我感觉这个问题比较突出，我计算是气态的。慢反射谱是粉末固态得到的
A:
算出来太蓝了就用HF成份低点的，反之亦然
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:47:12
Q:
老师，NTO计算完用是fch文件用Multiwfn处理对吗？在第四章那一部分[表情]
A:
处理什么？
Q:
想知道CT激发和LE激发那个为主
A:
直接用Multiwfn主功能0看fch里存的本征值最大的NTO轨道对就行了
----------------------------------------------------
2016.07.07 18:54:36
Q:
[图片] Sob老师，b3lyp一个用vwn3,一个用vwn5,算出来的能量差距真的有这么大吗。。。
A:
绝对能量差这种程度倒也可能
可以对比一下高斯里B3LYP和VWN5时候B3LYP的结果，后者这么输入：
BV5LYP IOp(3/76=1000002000) IOp(3/77=0720008000) IOp(3/78=0810010000)
----------------------------------------------------
2016.07.07 19:14:34
Q:
[图片]请问一下如果我是工作站的话，最后一行路径是写工作站的路径吗
A:
是
----------------------------------------------------
2016.07.07 19:23:04
Q:
弱弱的问一句，高斯能用来研究表面吸附吗？
A:
能
Q:
大概应该从那个方面着手？
A:
挖出个团簇来体现表面，然后接上个分子，计算分子与之相互作用能、结构、电荷转移balabala
----------------------------------------------------
2016.07.07 19:48:01
Q:
我看[图片]这本书上讲CI，举H2的例子，φ1成键，φ2反键[图片]（横线表示Beta电子）文中说[图片]这都是singly exicted slater determinant，为何Φ4和Φ5从单重态激发出了3重态？
A:
什么意思？4、5就是三重态当中Ms=1和Ms=-1那两个
Q:
H2不是单重态吗？为何单激发行列式会有三重态呢
A:
H2也有三重态激发态啊
Q:
就是说允许从单重态的参考态做改变自旋态的激发了？
单重态通过激发变成三重态
A:
组态之间的跃迁，和构建组态函数，这是两码事
不考虑旋轨耦合单重态不可能跃迁到三重态
单重态和三重态组态函数都是基于参考态的MO构建的，不是说三重态组态函数是从单重态组态函数搞过来的
Q:
请教跃迁禁阻物理上是如何产生的？
A:
算A、B两个态之间跃迁偶极矩<A|r|B>，如果比如一个是单重态一个是三重态，会出来一个<S|T>的对自旋部分的积分，自旋多重度不同的情况下这个积分为0，导致跃迁偶极矩为零，因此振子强度为零，跃迁禁阻
----------------------------------------------------
2016.07.07 20:20:34
Q:
老师您好，请问计算哪种分子体系的时候下需要加上关键词guess=(mix,allways)？谢谢！
A:
双自由基、反铁磁性耦合体系
----------------------------------------------------
2016.07.07 20:26:15
Q:
请问：计算配合物中心金属NPA电荷为负值，这与一般认为的配合物中心氧化数为正是否矛盾？另外，或者可以用有些“特殊”配合物中心金属氧化数偏低，可以是负的作解释？
A:
原子电荷跟氧化态没有任何直接对应关系
你也可以用Hirshfeld之类方法算算看
有时候NPA电荷对过渡金属并不很合理
Q:
审稿人有这样的疑问，如何回应？
A:
multiwfn有基于LOBA方法的计算氧化态的功能，有兴趣可以算算，最新版（前一阵子更新的）手册4.8.4节有例子
先不要认为NPA电荷就总是合理的
另外氧化态本身意淫的成分就很大
----------------------------------------------------
2016.07.07 20:30:08
Q:
那对于[图片]Φ4和Φ5在不考虑SOC效应的话对于H2的贡献应该是0吧
单重态的波函数用行列式展开，应该不会有其它自旋态混入吧
A:
你要是算单重态，肯定4和5这些不是单重态的态不会掺进来
----------------------------------------------------
2016.07.07 22:48:17
Q:
请问老师，NBO模块的二阶微扰能的分析结果在哪看
A:
[图片]
下面的就是
----------------------------------------------------
2016.07.07 23:29:27
Q:
请问，算CCST（T）单点时得到的CCSD能量和单独算CCSD的单点是不是一回事？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.07.07 23:38:43
Q:
请问老师，算Mayer bond order不需要算nbo吗
A:
完全无关
----------------------------------------------------
2016.07.07 23:43:10
Q:
老师，暑期培训班现在还可以报名吗？
A:
不能了，满了
Q:
[表情]啊，前几天太忙了，错过了时机
到时候不一定所有人都能到吧，能不能再放几个名额啊
A:
已经考虑到会有个别不来的了
Q:
参加过2015.4的第一届，现在内容听说又有巨大扩充，很想再去提升下自己，哪位如有临时去不了的，麻烦告诉一声啊，多谢！
再来四川办一期嘛，绝对爆满
每次都在北京，确实可以考虑换个地方，但是成本会高不少吧
A:
洒家办班就是任性
----------------------------------------------------
2016.07.08 00:09:11
Q:
请问老师，mayer bond order index在什么范围对应单键，双键和三键啊
A:
接近1.0、2.0、3.0就说明近似可当成单、双、三键
Q:
我的mbi只有0.5，但是高斯载入fchk文件是看到有键，这种是什么情况啊
A:
甭管gview，要凭化学直觉
A:
什么理论方法和基组？
Q:
aug-cc-pVTZ
A:
又用弥散
算Mayer键级、做mulliken分析、CDA分析等打死也不能用弥散函数
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
[图片]
Q:
那请问老师，用啥基组比较合适啊
A:
去了弥散就行了
Q:
老师您说凭化学直觉判断成键，那要做什么分析来说服别人呢
A:
化学直觉与键级、ELF之类计算结果相结合
gview靠距离阈值判断的说服力很低
Q:
ELF计算怎么做啊，有链接吗
A:
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
手册4.3、4.4、4.5节分别有绘制ELF曲线图、平面图、等值面图的例子
Q:
好的，也是用multiwfn这个软件吧
A:
其它相关博文
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
ELF综述和重要文献小合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2100
是
----------------------------------------------------
2016.07.08 00:17:52
Q:
[图片]
IRC跑出来这种啥情况呢
A:
未必有异常，看轨迹判断合理性
----------------------------------------------------
2016.07.08 00:22:50
Q:
咨询一下，高斯频率计算，是不是这样子：保留abc.rwf文件，
然后
%rwf=abc.rwf
%nprocshared=8
# restart
这里的命令行，只写restart就行了吗？谢谢
A:
%chk你也得提供。
只写restart就够
----------------------------------------------------
2016.07.08 00:35:36
Q:
sob老师，用TDDFT做激发态优化，发生振荡怎么办？@Sobereva
A:
GDIIS，并减小步长上限
Q:
老师，再请教您一个问题，用cis能准确找到激发态势能面最低点的构型吗？我如果用cis优化，然后在这个构型下td，做发射光谱，这样做结果可靠吗？
A:
一般能。
你用TDDFT优化多好
没有TDDFT解析导数的年代才像你这样做来勉强凑合
----------------------------------------------------
2016.07.08 00:52:07
Q:
老师 gromacs里面我现在加完水后生成加入离子的itp文件我怎么改变top中的数字也避免不掉求解答谢谢[图片]
A:
无非就是top最后的分子/离子数不对，没有别的可能
----------------------------------------------------
2016.07.08 01:29:23
Q:
Bogue R. Graphene sensors: a review of recent developments[J]. Sensor Review, 2014, 34(3). 大家好，就是这篇文章啦，能否帮忙下载一下，感激不尽哈！
sci-hub可以下
这个怎么整
A:
看群共享里群规，怎么用scihub写得很清楚
----------------------------------------------------
2016.07.08 01:35:25
Q:
老师，为什么我在使用multiwfn进行弱相互作用分析的时候，我输入研究的帧以后，程序就闪退掉了？
A:
操作错误或输入文件有问题
Q:
老师，我在台式机上可以，换到我的笔记本上就出现闪退了
老师，是因为笔记本的内存的原因吗？
A:
如果版本、操作完全一样，而且要算的格点数据较大，可能虚拟内存不够，或者用的操作系统位数不一样
Q:
老师，我是在网站上下载的程序，笔记本是64位操作系统。是不是操作系统位数的问题？网站上的只支持32位的？
A:
64bit能正常运行32bit程序
为了照顾那些还在用32bit的人才发布的是32bit版本，64bit的人一样能用
Q:
哦，那就应该是内存的问题了。谢谢老师
老师，可是我的笔记本的内存是4GB。比我现在用的台式机的内存是大的呢。
这样的话，就应该不是内存的问题了吧？
A:
先进入dos再运行Multiwfn，此时遇见出错就不会直接关闭窗口而是在屏幕上能看到报错原因
----------------------------------------------------
2016.07.08 01:50:50
Q:
请问下大家，算小分子如CH3OH与CO2作用时，很容易报错[图片]，我尝试了opt（Cartesian）,略微调整结构等方法，都没有解决。。遮该怎么处理呢？谢谢大家
A:
把用了cartesian时候的输入输出文件传上来
Q:
这个是CH3PH2和CO2的
A:
用cartesian时明显不是这个报错，而是没收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
怎么解决看博文文末
Q:
[图片]
笛卡尔坐标系下优化，出现这种情况，怎么办呢？
A:
又没报错，继续等
----------------------------------------------------
2016.07.08 03:00:24
Q:
[图片]这个总是被连在一起，怎么玩把它分开，谢谢
我现在调整二面角后，强行分开了，然后在clean,碳又连一起了
A:
gview的clean烂得很。快速优化还不如用高斯自带的UFF
----------------------------------------------------
2016.07.08 03:31:29
Q:
谁会用分子轨道理论解释C2分子存在的合理性吗
A:
没法用来解释
----------------------------------------------------
2016.07.08 03:38:39
Q:
sob老师，请问扭转角和二面角的区别是？
A:
没区别
----------------------------------------------------
2016.07.08 04:01:57
Q:
老师:您好！在做CDA分析的时候发现简并轨道的贡献值不一样，请问这个可能是什么原因造成的呢？谢谢~~~~
A:
能量简并，不代表轨道成份简并
----------------------------------------------------
2016.07.08 04:36:00
Q:
请教一个问题。高斯优化三重激发态T1,T2等的结构时候，电荷与自旋用 0 1还是0 3呢？基态结构是单重态。
A:
你若用TDDFT优化都是0 1。优化T1最好甭用TDDFT而用0 3直接优化，速度快得多
----------------------------------------------------
2016.07.08 04:38:43
Q:
[图片]请教一个绘制态密度的问题。我选择如图三个黄色原子利用Multiwfn态密度，[图片]得到这个态密度，在利用Multiwfn绘制的时候有没有办法让可以绘制跟原子示意图相同朝向的态密度呢，就是Na在最下面，C-H位于上面的左右两角。这样看起来好看点
A:
你的图明显不是态密度，看着像密度差。可以自行ps来旋转，也可参考
将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法
http://sobereva.com/274
----------------------------------------------------
2016.07.08 05:14:59
Q:
请问这个.wfn文件是怎么生成的啊
A:
手册第四章开头写明了怎么生成
----------------------------------------------------
2016.07.08 05:28:03
Q:
求教：用SDD赝势计算Os, Ir, Pt的时候，提示基组数不够，该怎么办？
A:
赝势定义格式错误，仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2016.07.08 05:37:46
Q:
[图片]结构优化有个大大虚频咋整？
[图片]
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2016.07.08 05:38:53
Q:
“M06-2X的一个鲜明优点是反应能、过渡态势垒这方面计算精度颇好，这也跟拟合参数时引入了这类问题直接相关。”老师，博文里的这个表述有参考文献么@Sobereva
A:
这是不言自明的，看原文。从结果上来说，找点势垒测试文章就完了
J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 808–821
----------------------------------------------------
2016.07.08 06:21:32
Q:
请问，gaussian做TD的话，能不能指定从第N个激发态开始做？谢谢
这样虽然不能保证第N个根与前N-1个根相互正交，但是可以作为一个近似处理
A:
不能。都是基于参考态来做的，即TDDFT之前SCF得到的波函数
----------------------------------------------------
2016.07.08 06:23:08
Q:
SPCA和muliken算出来的轨道组成差距好大啊，哪个更靠谱呢？
A:
先确保没用弥散函数，否则结果无意义
本身必然就会有差异，看
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
说明算的是什么，轨道里原子函数基函数的成分之类
----------------------------------------------------
2016.07.08 07:16:43
Q:
请问，用multiwfn可以查看第 i 个非占据分子轨道电荷分布吗？
[图片]
这是帖子上写的，每个非占据轨道电荷数都是2吗？
老师都睡了，算了，明天我要抢前排[表情]
A:
那叫占据数，或者轨道上的电子数，不叫轨道电荷数
非占据的轨道占据数怎么可能是2，显然都是0
做轨道成分分析，得到某轨道中基函数/壳层/原子的成份值乘上轨道占据数就是此轨道中它们带的电子数
Q:
[图片]
谢谢sob！我是想算p，不过不知道从哪儿下手，论坛上有个类似的问题，没说太明白
A:
你就算轨道当中片段的成分就完了
multiwfn手册4.8节有例子
----------------------------------------------------
2016.07.08 08:59:23
Q:
请问orca在算单点能的时候能加个匀强电场吗？
A:
手册里搜不到就是不能
----------------------------------------------------
2016.07.08 13:20:08
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
群里的提问我大多都会以at方式回复的，不用等明天
若真担心提问看不到就到计算化学公社发帖问
----------------------------------------------------
2016.07.08 13:39:55
Q:
早
A:
你的德国同事们会比较郁闷吧
Q:
为啥？
A:
2:0呗
我认识的倒是没有这种情况，一个学计算机的混金融界了，一个去弄房地产了
Q:
今天所在城市地铁出了问题，闹罢工好多人正生气，结果又被打击了一下，彻底消停了[表情]
路上的人明显比较蔫
A:
和当年7:1形成鲜明对比
----------------------------------------------------
2016.07.08 15:44:29
Q:
老师:在分子轨道中，之前，我一直理解的是，两个轨道的能量相同，就说是简并轨道，根据您的讲述，这应该是能量简并轨道，那么请问，轨道简并又是怎么回事呢？是说两个轨道的电子云分布，形状完全一样？还是？这两种轨道(能量简并和轨道简并)物理意义是？我之前的理解是能量简并有利于化合物的稳定……，请问老师您怎么看?谢谢……
A:
轨道简并就是指轨道能量相同，即能量上的简并
看看科顿的群论就懂了
----------------------------------------------------
2016.07.08 16:29:02
Q:
老师，我用multiwfn做出来的图是这样的，[图片]是盒子的尺寸给的太小的缘故吗？麻烦老师指点一下
1000
格点是80,80,80，Bohr设的是6.0,6.0,6.0
我感觉是Bohr给小了，格点也给少了。但是我都加大了一辈以后，提示虚拟内存不够，然后就退出了
A:
你这体系不小，要涵盖所有原子，在有限的可分配内存量下（有限的格点数目下），必然格点间距会较大，图像会粗糙。
Q:
是不是格点数越大图像越清楚啊，你的例子上是距离是4.5bohr,格点数是80，我调的是9Bohr ，是不是格点数要设置成160啊谢谢老师
A:
格点间距越小图像越细腻，计算开始时屏幕上会输出当前的格点间距
你把4.5加大到9bohr，显然盒子变大了，如果还是80*80*80个点，显然格点间距就变大了，图像变粗糙
80改成160格点间距会减小一倍，会更细腻，但计算量、内存消耗是原先2^3=8倍
----------------------------------------------------
2016.07.08 16:47:37
Q:
[图片]，请问，溶剂化算单点出现这种错误如何解决呢
m062x/aug-cc-pVDZ
A:
直接原因就是弥散
乱用弥散自讨苦吃
怎么解决在我博文都写了
而且M062X用aug-cc-pVDZ是甚糟糕的选择
Q:
请问Gaussian09里有cc-pVTZ+基组么？
A:
有
Q:
老师，Gaussian里cc-pVTZ+用什么关键词呢
是自定义基组么？
A:
肯定得自定义基组。
cc-pVTZ+是极小众基组
----------------------------------------------------
2016.07.08 17:15:37
Q:
[图片]想问，b图吸附解离的能量是怎么求得的@Sobereva
A:
算两个状态能量差就完了
----------------------------------------------------
2016.07.08 17:23:35
Q:
老师，H2用TDDFT优化，优化完变成了两个H原子距离为8.65A，这正常吗
[图片]
A:
一个电子跃迁到反键轨道，键级变成0，优化后体系断裂，显然正常。
----------------------------------------------------
2016.07.08 17:37:50
Q:
老师，手册里说require .wfn/wfx file as input, you can also use .fch/molden instead，意思是可以直接用.fch文件进行 .wfn/wfx的任何操作吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.07.08 17:42:10
Q:
请问老师，我在用Fukui函数预测VO4H3亲电位点时，用Multiwfn做的f- = ρ(N)-ρ(N-1)的等值面图是这样[图片]，亲电位点显示在氧原子上，理应是在V原子上的，我是按照手册做的，为什么这样呢#p b3lyp/genecp nosymm out=wfn
VO4H3-OPT-freq-wfn
0 1
V 0.00000500 0.00000300 0.02474800
.....
O H 0
6-311g(d,p)
****
V 0
lanl2dz
****
V 0
lanl2dz
C:\Users\Administrator\Desktop\5\VO4H3-opt-freq-wfn.wfn
.......
#p b3lyp/genecp nosymm out=wfn
VO4H3-OPT-freq-wfn+1
1 2
V 0.00000500 0.00000300 0.02474800
....
O H 0
6-311g(d,p)
****
V 0
lanl2dz
****
V 0
lanl2dz
C:\Users\Administrator\Desktop\5\VO4H3-opt-freq-wfn+1.wfn
A:
既然你都知道是V发生反应就没必要再去做这种预测。
Q:
请问老师，为什么我做的图上V没有一点亲电的趋势呢，是说明V不如O亲电活跃吗？我做了VO4H3吸附NH3，最终N吸附在V上，究竟哪个是正确的呢
A:
不是福井函数越大就一定能发生反应，无论从理论上还是实际情况上皆如此
诸如取代苯的亲电反应，原先取代基连着的碳往往福井函数最大，但明知道这不是发生反应的位置也就没必要再去考虑这个原子
不要指望光靠反应物结构下的福井函数、双描述符之类，就能很简单地100%告诉你实际上哪里反应，更何况还有很多其它因素，跟具体发生什么反应也很大关系
----------------------------------------------------
2016.07.08 18:08:24
Q:
请问，对于在基态下自旋多重度为6的体系，对其磷光进行计算的时候，激发态下的结构进行优化的时候，多重度设为4么？
若以该优化后的激发态结构为参考态进行TD计算的时候，TD中还是用triplets么？
谢谢！
A:
这种情况不说磷光。磷光是三重态返回单重态基态才用这个词
Q:
老师，刚才说的那个基态下的多重度为6的体系（含Mn),对于其发光该如何分析呢？
老师，麻烦问下，我要算的是[MnBr4](-2)的发光，因为Mn是d5的，Br是弱场配体，5个d电子是未成对的，所有有5个未成对电子，多重度为 6.对于它的发光，该如何分析呢？
如果对于基态是单重态的磷光，可以先优化三重态结构（用U-DFT),然后以该三重态结构为参考态，计算TD的时候，用triplets.
但是对于我这个体系，我需要优化其多重度为4的结构作为激发态么？然后以该结构为参考态，再做TD，不知道这里该怎么设置，triplets么？谢谢老师
A:
看你要分析什么，比如只算个发射能量，若要考虑自旋多重度不同的激发态下发光，比如四重态，那你可以先-2 4优化四重态，然后做激发态计算，找其中四重态的能量减去此结构下基态六重态的能量。
----------------------------------------------------
2016.07.08 18:14:35
Q:
请问老师，算PT配合物三重态用哪种方法准确？我之前用b3lyp/6-31g(d)，与实验数据有差距。谢谢 @Sobereva
优化基态
# opt m06-2x/gen pseudo=read
0 3
C H N Cl 0
6-31G*
****
Pt 0
LANL2DZ
****
Pt 0
LANL2DZ
算三重态激发态
# opt m06-2x/gen pseudo=read TD(triplet)
0 1
C H N Cl 0
6-31G*
****
Pt 0
LANL2DZ
****
Pt 0
LANL2DZ
A:
你输入文件里优化单重态和三重态的写反了
配合物不建议优先考虑M06-2X
B3LYP、BP86、M06、B3LYP*都可以尝试
想改进点结果增大基组，诸如轻原子6-311G*，Pt用Lanl2TZ或更好点Lanl2TZ(f)
Q:
那我是直接优化基态，然后单重态激发态可以三重态激发态在此基础上算？
A:
关键看你想干什么，想要比较单-三重态各自极小点能量差，需要单、三重态都分别优化
优化三重态：
# opt m06/gen
0 3
优化单重态
# opt m06/gen
0 1
----------------------------------------------------
2016.07.08 18:36:10
Q:
老师：您好!请问在PS中，这里我将选中的区域进行了清除后变成了黑色，请问是怎么回事呢？我想把他交错存储，以至于在使用的时候不遮盖其他的文字[表情]
[图片]
A:
更下面有另一个图层时，将上面的图层某个区域选中再del就会透出下面的图层
----------------------------------------------------
2016.07.08 18:36:19
Q:
娃娃，gaussian能算双电子激发吗？[表情]
其实是两个激发态的原子，上次Sob老师说，两个原子也是一个体系，我想知道这种体系是否可以看做激发了俩电子
A:
此文说了哪些方法可以算双电子激发
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
高斯里CASSCF、EOM-CCSD还是能很勉强地描述双电子激发特征偏大的态的
Q:
[图片]
各位大侠，截图是09中文手册里对EOMCCSD的一个例子，我不明白为什么第一激发态里面同时存在单电子激发和双电子激发（双激发是指双电子激发吗）？
A:
那是双激发行列式的系数
由此换算的双激发行列式所占成份可以用来表征某个激发态中双电子激发的成份
----------------------------------------------------
2016.07.08 19:11:09
Q:
老师请问，"First set "iuserfunc" in settings.ini to 33"这个值调整的依据是什么啊
A:
手册2.7节说了各个自定义函数都代表什么含义
实际上手册一搜iuserfunc马上就找到答案
看这具体怎么定义的，找原文
----------------------------------------------------
2016.07.08 19:13:37
Q:
老师，a图直接就是吸附后减吸附前的，b图与a图比，是相反的过程，绝对值应该是相同的。这样理解不正确，但不知道问题出在哪里。谢谢老师！@Sobereva
不好意思我的字太大了[表情]
A:
从图上标注看a和b的电荷不同，b的时候脱附时候能量更低，所以脱附态减吸附态为负值
Q:
谢谢群主！[表情]
A:
如群共享群规所示，字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.07.08 19:17:42
Q:
请问老师，高斯计算三态结构的自旋污染为2.8，加什么关键词降低自旋污染呢？
A:
若是DFT甭管自旋污染
----------------------------------------------------
2016.07.08 19:25:38
Q:
Sob 老师，请问 Br在有机物里面，需要不用SDD，用什么样的基组性价比最高?(即能保证足够的精度，又不是特别耗时)
要求电荷
A:
不想用赝势么？
用了赝势对于算原子电荷也并不矛盾
对于DFT计算：
全电子用6-31G*或def2SVP就可以
赝势的话推荐lanl08
Q:
是的不想用赝势，是不矛盾，不过还是想用全电子基组
SDD和lanl08 对与Br各有什么优缺点呢？
A:
Lee lanl08比SDD对主族来说略大
----------------------------------------------------
2016.07.08 19:31:29
Q:
请问，集群中并行是OpenMP还是MPI，这个怎样查？
A:
MPI并行的时候多少核并行就有多少进程，而openmp并行是单一进程
所以top一看就知道了
----------------------------------------------------
2016.07.08 19:31:54
Q:
gview的氘原子是不是在这么画的 H(iso=2)
[图片]
这样对么，谢谢
A:
对
----------------------------------------------------
2016.07.08 19:33:59
Q:
老师，我按照Multiwfn做电荷分解分析（CDA），绘制轨道相互作用的帖子，来绘制两个片段组成复合物的轨道相互作用图，我按照帖子首先优化好复合物，然后计算复合物的单点任务的fchk文件A1，然后用优化好的结构分别分成两个片段A2，A3，也是做单点任务，加上nosymm，得到的fchk文件三个，然后在Multiwfn里面放A1，输入16,2，然后在把片段拖进Multiwfn就会闪退是什么原因呢？
A:
用最新Multiwfn版本，先载入A1，16，2，再载入A2、A3，并没有闪退
----------------------------------------------------
2016.07.08 19:34:33
Q:
请问，我先-2 4优化四重态，然后以该结构为参考态，设置电荷和多重度为（-2 6），做了TD(triplets), 这时候得到的第一激发态的能量可以认为是发射能么？谢谢老师
A:
参考态是开壳层的时候写triplet毫无意义，自动被忽略掉，singlet、triplet仅在参考态是闭壳层的时候才有意义
如果你只需要研究最低四重态与六重态的能量差，四重态优化完的能量减去此结构下-2 6的能量就完了，都用不着TDDFT
Q:
请问老师，关于刚才四重态和六重态的问题，除了知道发射能量，还想对发射进行归属，就是跃迁来源（跃迁过程中电荷的转移之类的），谢谢。
A:
做个密度差就完了
----------------------------------------------------
2016.07.08 20:09:13
Q:
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 这个杂志要不要收费？？
A:
不
Q:
sob老师，[图片]这个意思是OA才收费吗
A:
y
----------------------------------------------------
2016.07.08 20:10:22
Q:
老师Multiwfn最新版本是在计算化学公社那个上面下载吗？我看发表的日期还是2014年10月20日的那个
A:
主页上的3.3.9(dev)
Q:
老师，我刚下载的3.39版本，输入A1.fchk 然后16,2，[图片]到着再Enter一下就闪退
老师，如果我不用fchk文件，用log文件来做的话，片段用pop=full，复合物用pop=full Iop（3/33=1）关键词，每个片段还要加nosymm吗？
A:
路径不要有空格
Q:
哦，懂了
谢谢老师，吧路径空格改了就好了，是不是Multiwfn输入的路径都不要空格啊
A:
一开始载入的文件可以有空格
目录、文件名有空格是极坏的习惯，从计算机常识上来讲。
----------------------------------------------------
2016.07.08 20:24:08
Q:
[图片]sob老师，您好！请问使用Multiwfn_3.3.8(dev)_src_Linux可以生成cub文件，但是不能绘制散点图，该怎么做，才能生成散点图？
A:
你得在有图形支持的环境下才能直接把图显示在屏幕上，不符合这种情况你就选1保存图像文件
Q:
选1，把散点图保存为jpg或png格式的图像文件，下载到电脑上，就行了，对吗，老师？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.07.08 20:43:46
Q:
暑期培训现在还可以报名么？
A:
不能了
Q:
不是截止日期是7月12号么？
A:
[图片]
特意提醒了
----------------------------------------------------
2016.07.08 20:58:41
Q:
求助：Gamess能量分解错误原因？已经上传输入输出文件@Sobereva
A:
都没写$ECP
Q:
[图片]写到下面这里吗？sob老师
A:
y
Q:
[图片]sob老师，还是错了[表情]
A:
[图片]
Q:
[图片]sob老师，我现在只能把基组继续改小吗？
sob老师，我还是没解决？[表情]
A:
sdd根本不是内置的，结果能正常就怪了
Q:
那我要去基组网站差吗？
A:
显然
Q:
sob老师，那我金属元素用什么基组比较合适呢@Sobereva
A:
lanl08或更好的lanl08(d)
考虑到其它用了ACCD，Pb用aug-cc-pVDZ-PP也可以
----------------------------------------------------
2016.07.08 22:14:00
Q:
老师请问一下，用.fch文件可以做ELF分析吗
好像没找到选项
A:
可以
看你具体怎么分析
和.wfn情况一样
Q:
[图片]应该选几啊
A:
Sobereva(190258442) 14:17:20
看你具体怎么分析
Q:
[图片]就是跟这个一样呢
A:
也可以这么看看(multiwfn手册里的一段话）
[图片]
一样
Q:
找不到Electron localization function (ELF)这个选项啊
A:
怎么没有
[图片]
按手册里例子操作，每一步操作注意看选项名理解操作的含义
Q:
好的，谢谢，但我载入的.fch文件，界面不是这样的
A:
不管你载入wfn还是fch，界面都一样
Q:
[图片]为什么我的是这样的，版本不对吗
A:
例子里都写了啊，载入文件之后先选5
Q:
哦，好的
看到了
我看到手册里5后面是Generate grid data and view isosurface这样的
所以觉得没找到
A:
//后面是注释，帮助你去理解
如果和屏幕上的选项内容一模一样就没必要去写注释了
Q:
恩，现在懂了，谢谢老师
A:
要努力去理解理解理解理解理解理解理解理解理解
----------------------------------------------------
2016.07.08 22:17:58
Q:
老师，在计算一个含56个原子的Cu配合物时，我使用6-31+G（d,p)基组for H,C,N,O,Cl,使用Lanl2dz基组for Cu,去优化一个铜配合物，键角和键长（气相）与单晶结果比，分别大1.1度～14度，0.01埃～0.36埃，这是不是说明我选择的基组不合适呢？
A:
基组用6-311G*结合Lanl2TZ明显更合适
当然也可能泛函不合适
Q:
那这种情况下，我取我计算的分子结构进行接下来的计算快还是使用最初的单晶数据快一些呢？
A:
什么叫快一些？
体系大小都一样，只是结构不一样，之后算什么速度都原理上没区别
Q:
哦，好的，还有，一般计算的结果和单晶值差值在多少范围内可以看作实验结果与计算吻合较好呢
A:
不要去跟单晶比涉及到氢的几何参数，晶体数据里氢的位置是严重不准的
Q:
没有比较，只是比较了一下Cu和周围原子（配位层）的键长键角
A:
在0.05埃，3度以内算不错
----------------------------------------------------
2016.07.08 22:19:38
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
你可以google搜这个错误提示
----------------------------------------------------
2016.07.08 22:34:13
Q:
sob老师，激发态势能面扫描的时候，tddft，scan 后面扫描的结构参数改变如何确立？比如键长，角度。是不是先需要确认过渡态，然后根据过渡态结构，再选择扫描过程中的参数变化？
A:
先明确为什么要扫，要扫什么
Q:
分子光照后结构改变了。具体变成什么不知道
A:
优化产物极小点结构就完了，没必要去扫
Q:
现在是不知道产物具体变成什么了[表情]
A:
你若能找到过渡态，就走IRC，拿产物那端的点再优化。扫描通常是没用的
----------------------------------------------------
2016.07.08 22:37:30
Q:
用B3LYP优化的激发态做发射光谱，与实验值严重不符，红移很大很大，有好的解决办法吗？
100+
@华科-有机发光
A:
用HF成分高点的
----------------------------------------------------
2016.07.08 22:52:40
Q:
老师如果我用lanl2tz 就报错用lanl2dz就没问题这是为啥
A:
去EMSL拷lanl2tz定义
----------------------------------------------------
2016.07.08 23:18:14
Q:
老师，我计算两个水分子的时候，限制对称性CS，计算后结果变成Ci了，这是为什么？用别的方法计算都不会出现这种情况，只有CCSD(T)优化才会出现。
老师，我计算两个水分子的时候，限制对称性CS，计算后结果变成Ci了，这是为什么？用别的方法计算都不会出现这种情况，只有CCSD(T)优化才会出现。
A:
看偏离Cs多大
而且其它方法即便得到了Cs，也要检验有无虚频
----------------------------------------------------
2016.07.08 23:24:24
Q:
老师，multiwfn算完ELF之后，怎么查看两个原子之间的ELF值啊
A:
“两个原子之间的ELF值”这词含糊不清
打算怎么表征这个东西？两个原子之间某个点的值？两个原子之间ELF曲线？平面图上两个原子之间的ELF图？两个原子之间区域ELF等值面？
Q:
想知道两个原子之间的ELF曲线
A:
看手册4.3节的例子
Q:
[图片]这样的ELF图能说明两个原子之间成键吗
A:
作平面图看着更清楚。
而且ELF只能反映共价键，离子键反映不了
----------------------------------------------------
2016.07.08 23:26:19
Q:
请问老师，用cubegen中的density生成的密度分布的*.cube中，可以用multiwfn分析分子的各部分所占的密度的比例么？谢谢
A:
何故用cubegen
Multiwfn生成电子密度数据比cubegen快N倍
你直接算出来每个原子的布居数，看某个区域内原子布居数的加和值占体系总电子数就知道了。这都用不着计算电子密度格点数。
----------------------------------------------------
2016.07.08 23:31:27
Q:
其他方法得到的没有虚频，怎么看Cs偏离程度呢？用Gview打开log文件，看分子坐标竟然是一样的，但是文件里面的optimized优化坐标不一样，差别也不是很大
从results里面summary看，point group是一样的
A:
看优化完的结构偏离平面(Cs对称性)得程度，肉眼一看就知道。如果几乎还是平面的，说明没判断成Cs 8成是因为数值梯度的噪声原因导致结果不精准。
分明就是Cs对称性
数值噪声导致结构不够精准而没判断成Cs
你在gview里点symmetrize立刻就告你是Cs
----------------------------------------------------
2016.07.08 23:31:27
Q:
[图片]
最后这部分是什么呢
A:
所以没事甭用没有解析梯度的方法优化，自讨苦吃
Q:
老师，那些优化方法是属于梯度解析的优化方法呢？
谢谢老师，老师辛苦了[表情]
----------------------------------------------------
2016.07.08 23:36:05
Q:
sob老师，我提交了报名表，正在办汇款，需要院领导签字，院领导出差下周一回来，到时候汇款还来得及吧？
A:
来得及
----------------------------------------------------
2016.07.08 23:41:02
Q:
，我是算反应机理的，审稿人通过艾林方程算出了整个反应的活化能，比我计算的决速步的活化能低10kcal，我换了方法基组算出来还是，还有其他的办法吗，谢谢老师
A:
本身决速步活化能又未必和他算的那个一定有可比性
[图片]
----------------------------------------------------
2016.07.09 00:57:32
Q:
请问老师，用cubegen中的density生成的密度分布的*.cube中，可以用multiwfn分析分子的各部分所占的密度的比例么？做密度差分图的时候，看不出分子的某个组成部分的贡献，谢谢
A:
Sobereva(190258442) 15:28:11
何故用cubegen
Multiwfn生成电子密度数据比cubegen快N倍
你直接算出来每个原子的布居数，看某个区域内原子布居数的加和值占体系总电子数就知道了。这都用不着计算电子密度格点数。
----------------------------------------------------
2016.07.09 01:58:19
Q:
[图片]
[图片]
骗子培训好多啊
A:
然
Q:
这个太坑了，直接小窗
群名奋斗，群主查查
A:
有好多叫奋斗的
Q:
好几个群都发过，应该是新加的
看头像
A:
本群里的奋斗已经加了两年半了
按照这个标准轻易就能揭穿虚假培训
辨别虚假坑钱科研培训的关键九点
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3622
Q:
[图片]
[图片]
这个是个什么公司
骗子公司，感觉看了科音论坛
辨别骗子的水平也提高了
/呲牙
[表情]
三天又是3900
不用谢
举手之劳
A:
一看公司名就知道是坑爹的
冒出来一堆企业管理的公司搞科研培训，纯属搞笑
----------------------------------------------------

复制代码

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.07.07 02 ~ 2016.07.09 02 Concate

评分 Rate

浏览过的版块