Amber动力学后查看轨迹，发现配体二面角变化，导致RMSD值有所波动，如何控制其不动

xiao杨同学 · 发表于 Post on 2023-6-28 16:25:17

本帖最后由 xiao杨同学于 2023-6-28 16:25 编辑

   各位老师们好，最近利用Amber22在跑一个动力学，蛋白自带一个配体A，之后对接进去一个配体B，然后对其进行动力学模拟。
   先处理两个小分子: G16 + Multiwfn计算各自的RESP电荷，得到小分子的参数文件；蛋白处理以得到Amber标准的蛋白文件；然后合并处理复合物，tleap得到复合物的参数文件及水盒子文件。1) 最小化：最小化过程中对配体与周围残基的关键作用进行了距离约束，然后再无约束最小化；2) 加热过程分两次进行：先是对主链约束升温，然后再对关键作用里约束升温；3) 恒压：4）正式模拟。
   模拟结束后得到蛋白骨架及配体的RMSD，发现配体A的RMSD值有波动（绿色的是配体A），去VMD中观察结构，发现配体A结构有一个二面角在模拟中发生旋转，想问一下这个怎么解决，需要在正式模拟前的几个过程中对这个二面角进行约束处理吗？谢谢大家帮忙解答一下。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-29 07:14:29

没有什么必然要解决的，旋转势垒很低的二面角在不很低的温度下模拟，而且蛋白环境与之又没有显著作用使之固定的话，由于热运动自然二面角会发生旋转

xiao杨同学 · 发表于 Post on 2023-6-29 10:06:23

sobereva 发表于 2023-6-29 07:14
没有什么必然要解决的，旋转势垒很低的二面角在不很低的温度下模拟，而且蛋白环境与之又没有显著作用使之固 ...

嗯嗯，谢谢sob老师，再冒昧问一个问题，这个是不是不用管就可以了，然后从轨迹中选取一帧合适的构象继续做别的

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-29 23:35:24

xiao杨同学发表于 2023-6-29 10:06
嗯嗯，谢谢sob老师，再冒昧问一个问题，这个是不是不用管就可以了，然后从轨迹中选取一帧合适的构象继续 ...

如果确信力场参数、模拟设置等方面都合理就不用管

xiao杨同学 · 发表于 Post on 2023-6-30 11:02:46

sobereva 发表于 2023-6-29 23:35
如果确信力场参数、模拟设置等方面都合理就不用管

嗯嗯，好的，谢谢老师啦

Shuxian · 发表于 Post on 2025-8-27 11:23:18

请问Amber中的小分子相对于蛋白质骨架的RMSD是怎么实现的？

student0618 · 发表于 Post on 2025-8-27 13:00:45

cpptraj
加载prmtop
trajin 轨迹
autoimage
rms 选骨架的组 out 骨架的rmsd
rms 选小分子 nofit out 对齐骨架后的小分子rmsd
run

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] Amber动力学后查看轨迹，发现配体二面角变化，导致RMSD值有所波动，如何控制其不动

浏览过的版块