关于AIMD后处理中对于rdf的一些问题

gehan · 发表于 Post on 2023-7-4 21:22:06

本帖最后由 gehan 于 2023-7-4 21:22 编辑

各位老师好，请问对于AIMD的后处理中，使用VMD可以直接处理多帧的RDF结果。比如，我的体系是LiBH4体系，我对于不同的切面跑了一万步的AIMD，然后取得xyz文件放到VMD中计算RDF，包括对于B元素与H元素之间的rdf，也有B和B之间的等等。但是这里我有些疑问想请问下：1、关于rdf的后处理是直接对导入到VMD中的所有帧进行全部叠加取平均计算吗？因为我知道如果只对一帧的结构也可以计算两个元素间的rdf。这两者之间（对多帧和1帧结构）计算rdf之间有什么区别。2、第二个问题是关于计算rdf的作用，我知道通过rdf积分能得到相应的配位数，我看到论坛中也有说通过rdf来分析弱相互作用的，请问是只看最高峰对应的横坐标大小来判断两个元素间是什么作用力吗？比如B和H之间峰值最高对应于1.2A左右，就代表它们之间主要是H键作用吗？这样的理解对吗。3、最后一个问题就是关于rdf峰的宽度和高度有什么意义吗？比如我贴了两张图，图1是B和B之间的RDF，图2是B和H之间的RDF，图中在6.2A左右会被截断我知道是因为盒子比较小的原因。除此之外，图二里rdf图像里的峰明显非常的高且窄，而B-B之间的RDF图像的峰就比较宽且低，请问这能说明什么吗。我的理解是B-H键结合的比较强，作用力比较强，所以峰值会比较窄，比较高？但不知道正不正确。还请各位老师指点一下。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-5 04:04:34

1 考虑所有帧取平均才能体现动力学采样的效果。只拿一帧算rdf根本没意义，rdf曲线都是离散的竖线

2 拿这个判断并不直观，只能根据被研究的体系的结构、相互作用特征进行间接的推测

3 宽窄体现原子间出现在相应峰位置的确定性。诸如对固体算rdf，峰总是非常窄，哪怕峰对应的相互作用方式其实强度很弱。这跟作用强弱没必然关系。

gehan · 发表于 Post on 2023-7-5 10:36:37

本帖最后由 gehan 于 2023-7-5 10:38 编辑

sobereva 发表于 2023-7-5 04:04
1 考虑所有帧取平均才能体现动力学采样的效果。只拿一帧算rdf根本没意义，rdf曲线都是离散的竖线

2 拿这 ...

非常感谢老师的回答。1、对于第一个问题，我取得第0帧和第5000步的结构（我步长选的是1fs）,导入到VMD中画RDF并不是离散的竖线，也是有峰值的曲线，,而且这两个图也有明显的区别，这该怎么解释呢，还是我操作的有问题，图形见下图1,2，都是对于B和H之间的RDF。2、对于第三个问题，我对这里的“确定性”不太理解，比如比较宽峰（B-B之间的RDF），由于峰对应的横坐标范围更大，就代表B原子出现在该峰对应的位置就更加不确定吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-6 09:20:39

gehan 发表于 2023-7-5 10:36
非常感谢老师的回答。1、对于第一个问题，我取得第0帧和第5000步的结构（我步长选的是1fs）,导入到VMD中 ...

1 没什么可解释的。既然轨迹都跑出来了，干嘛只取一帧？跑MD还有什么意义？
统计间隔如果取得特别小，竖线就会显得特别细

2 rdf体现的是原子间距离，而不是某个原子的位置
搞清楚rdf的计算公式自然就明白了

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