使用GROMACS（2023 gpu版）计算npt时core dumped

kkivg · 发表于 Post on 2023-7-17 16:50:43

本帖最后由 kkivg 于 2023-7-18 08:17 编辑

使用GROMACS（2023 gpu版）计算，top与itp文件来自sobtop，运行任务遇到Segmentation fault (core dumped)错误，但是使用gromacs（2019 gpu版本）和gromacs（2018.8 cpu版本）均不会报错

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-7-17 17:07:24

把2023 GPU版的gmx -version信息以及你机器的硬件信息都贴出来

kkivg · 发表于 Post on 2023-7-17 17:22:00

本帖最后由 kkivg 于 2023-7-18 08:19 编辑

Entropy.S.I 发表于 2023-7-17 17:07
把2023 GPU版的gmx -version信息以及你机器的硬件信息都贴出来

GROMACS version: 2023
Precision:       mixed
Memory model:    64 bit
MPI library:       MPI
OpenMP support:    enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 128)
GPU support:       CUDA
NB cluster size: 8
SIMD instructions:  AVX_512
CPU FFT library: fftw-3.3.8-sse2-avx-avx2-avx2_128-avx512
GPU FFT library: cuFFT
Multi-GPU FFT:    none
RDTSCP usage:    enabled
TNG support:       enabled
Hwloc support:    disabled
Tracing support: disabled
CUDA driver:       11.60
CUDA runtime:    11.60

  CPU info:
Brand:  Intel(R) Xeon(R) Gold 6133 CPU @ 2.50GHz

  GPU info:
#0: NVIDIA NVIDIA GeForce RTX 3080, compute cap.: 8.6, ECC:  no, stat: compatible

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-7-17 18:36:57

尝试这几天刚发布的2022.6和2023.2

kkivg · 发表于 Post on 2023-7-20 08:57:50

Entropy.S.I 发表于 2023-7-17 18:36
尝试这几天刚发布的2022.6和2023.2

2023.2也不行

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-20 12:52:24

我没时间测试，你可以试试2023纯用CPU跑，以及2018跑一阵子后再用2023续跑

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[GROMACS] 使用GROMACS（2023 gpu版）计算npt时core dumped

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