如何构建有机小分子在分子筛中的初始模型？

boqiang

我需要研究不同的有机小分子（萘环上的不同双取代）在分子筛（MOR）中扩散，初始模型该如何构建？
1. MOR结构是通过MS扩胞后给的结构（如图 mor.png），盒子尺寸大小为1.83412 , 2.05456，1.51456 （nm），尺寸是否够大？


2. 参考文献中（已截图，如图扩散模型.png）通过Lammps构建40A的小分子区域（高压），15A的分子筛区域，90A的真空区域（低压），两边设置He挡板，这种模型在gromacs中如何构建？


思路：
1. 通过packmol构建40A区域的小分子，通过sobtop得到itp，top，能量优化得到gro文件；
2. 通过sobtop得到MOR结构的itp，top，能量优化得到gro文件；
3. 将1,2得到的gro文件组合，通过editconf重新定义盒子大小，手动修改top文件；

问题：
1.  高压区和低压区在同一个盒子中怎么设置？
2.  是否需要添加水还是只在真空下做就可以？
3.  两端的He墙怎么设置？

刚接触材料领域的研究，请问思路中的方法是否正确？

sobereva

1 至少扩成2*2*2超胞。盒子太小自相互作用太严重

2 优化不是必须的

高压区和低压区不是设置的，而是模型体现的。气态分子起初分布多的地方就是高压区

加不加水完全看你模拟什么条件下的。诸如文献里的图肯定是没加水的

写个小程序，产生wall上每个He原子的坐标，用gmx insert-molecules结合He的pdb文件就可以构成一个He wall，参考以下ppt。直接用gromacs自己的wall功能也可以。