利用Lammps ReaxFF研究反应动力学一例

love_yy

各位老师好，能否请教以下对于参照上述帖子已经获得的lammps.trj轨迹如果rerun调整bond_order cutoffs来重新得到species，在rerun处应该怎么写呢，我根据官网和上述模板在去掉能量最小化和初始速度后对run部分作出了如下修改，一直报错“ERROR: Read_dump must use at least either 'id' or 'type' field (../read_dump.cpp:1175)“，请问正确的方法是什么？
（1）直接将run部分修改为“rerun ${basename}.lammpstrj dump every 1 id type xs ys zs”
（2）将trj文件转化为xyz，将run部分修改为：“rerun ${basename}.xyz dump every 1  x y z” ；
谢谢！

Graphite

love_yy 发表于 2025-5-22 21:41
各位老师好，能否请教以下对于参照上述帖子已经获得的lammps.trj轨迹如果rerun调整bond_order cutoffs来重 ...

直接用reax_tools或者reacnetgenerator读轨迹分析得了，说实话基于LAMMPS键级和cutoff，有时候反而结果相当的紊乱

reax_tools用vdw缩放因子调意外地又LOW又好用

love_yy

Graphite 发表于 2025-5-23 04:21
直接用reax_tools或者reacnetgenerator读轨迹分析得了，说实话基于LAMMPS键级和cutoff，有时候反而结果相 ...

谢谢老师回复

jiansi

老师您好，请问reax_species.py是否有下载渠道呢

yanboliu123

非常感谢您的教程，我有两个问题请教：（1）可以通过什么软件来分析（pyrolysis.bonds.out.gz）并呈现出轨迹（pyrolysis.lammpstrj  ）的化学键信息吗？比如单键、双键等 ？（2）我按照您的案例运行了模拟，发现GPU加速相比单核CPU计算还要慢好几倍，我的GPU是RTX5070TI，是因为50系显卡的原因吗？这一点非常困扰我

z8923080

老师，您好。想请问一下pos文件是怎么进行后处理的？是通过软件处理还是自己作图

Graphite

z8923080 发表于 2025-10-10 15:02
老师，您好。想请问一下pos文件是怎么进行后处理的？是通过软件处理还是自己作图

那个没啥用，就是python随便画的

Veloong

太神了，谢谢大佬详细教程，解决了我的不少难题！

Veloong

想问下大佬“# 调用力场参数，对所有原子对（* *，两个通配符)，都调用如下参数文件，其中，原子类型1对应参数文件里的C，原子类型2对应H。

pair_style            reax/c NULL
pair_coeff            * * ../params/ffield.reax.chon.2019.params C H

# reax/c自带14个可以计算的量供有需要的人输出，这里只摘出来2个举例，分别是键能、静电作用能。具体c_reax[序号]对应什么物理量见官方手册。”里面的“pair_coeff            * * ../params/ffield.reax.chon.2019.params C H”如果我的力场里面有六个元素，但我的体系却只有4个元素怎么办啊？

Graphite

Veloong 发表于 2026-1-7 15:51
想问下大佬“# 调用力场参数，对所有原子对（* *，两个通配符)，都调用如下参数文件，其中，原子类型1对应 ...

力场支持的元素中包含体系中的元素就可以

Veloong

Graphite 发表于 2026-1-8 13:22
力场支持的元素中包含体系中的元素就可以

好滴，谢谢大佬，我晚点试试！