利用Lammps ReaxFF研究反应动力学一例

love_yy · 发表于 Post on 2025-5-22 21:41:19

各位老师好，能否请教以下对于参照上述帖子已经获得的lammps.trj轨迹如果rerun调整bond_order cutoffs来重新得到species，在rerun处应该怎么写呢，我根据官网和上述模板在去掉能量最小化和初始速度后对run部分作出了如下修改，一直报错“ERROR: Read_dump must use at least either 'id' or 'type' field (../read_dump.cpp:1175)“，请问正确的方法是什么？
（1）直接将run部分修改为“rerun ${basename}.lammpstrj dump every 1 id type xs ys zs”
（2）将trj文件转化为xyz，将run部分修改为：“rerun ${basename}.xyz dump every 1 x y z” ；
谢谢！

Graphite · 发表于 Post on 2025-5-23 04:21:04

本帖最后由 Graphite 于 2025-5-23 04:22 编辑

love_yy 发表于 2025-5-22 21:41
各位老师好，能否请教以下对于参照上述帖子已经获得的lammps.trj轨迹如果rerun调整bond_order cutoffs来重 ...

直接用reax_tools或者reacnetgenerator读轨迹分析得了，说实话基于LAMMPS键级和cutoff，有时候反而结果相当的紊乱

reax_tools用vdw缩放因子调意外地又LOW又好用

love_yy · 发表于 Post on 2025-5-23 12:36:16

Graphite 发表于 2025-5-23 04:21
直接用reax_tools或者reacnetgenerator读轨迹分析得了，说实话基于LAMMPS键级和cutoff，有时候反而结果相 ...

谢谢老师回复

jiansi · 发表于 Post on yesterday 13:49

老师您好，请问reax_species.py是否有下载渠道呢

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