分子叠合原子编号处理问题

jackie · 发表于 Post on 2016-8-22 09:29:44

本帖最后由 jackie 于 2016-8-22 09:32 编辑

我想使用DiscoveryStudio25叠合两个小蛋白结构进而得到偏差RMSE的值。我的做法：从文献中下载了一个从头算的甘氨酸四肽结构2.gly.pdb(共33个原子), 然后使用amber99sb力场基于tinker6.0程序优化此结构最后使用Chem3D生成命名为2.pdb的结构,此时这两个结构的原子编号顺序不一样，我以文献中2.gly.pdb结构的编号顺序为标准去更改2.pdb结构的编号顺序使其原子编号一致（原子坐标也随着变化），然后也以2.gly.pdb文本里的格式为母版将重新编号的新坐标顺序paste到命名为002.pdb的文件中，这时候正常就可以用DiscoveryStudio25软件打开这两个结构做分子叠合，但是当我无论是用DiscoveryStudio25/gaussview/chem3D哪个软件打开重新编号的结构（002.pdb）都不对，检查后发现重新编好的号又串了，不知道是什么原因？请问如何解决？----（其中涉及三个文件已上传）

PS.我就是想做分子的叠合，除了上述提到的做法是否还有别的可行方法？

sobereva · 发表于 Post on 2016-8-22 12:23:34

要叠合的两个小蛋白具体指哪两个？你的最终目的是考察从头算的结构和amber99sb优化后的结构间的RMSD？
Tinker优化完之后的结果文件里原子顺序和最初的pdb相同否？

jackie · 发表于 Post on 2016-8-22 16:03:39

sobereva 发表于 2016-8-22 12:23
要叠合的两个小蛋白具体指哪两个？你的最终目的是考察从头算的结构和amber99sb优化后的结构间的RMSD？
Tin ...

对，最终是要考察从头算和amber99sb结构件的RMSD，叠合的也是这两个分子，tinker优化后的结果文件原子顺序和最初的pdb不相同，所以要想要改成相同的遇到了这样的问题老师

sobereva · 发表于 Post on 2016-8-23 12:16:02

我不用tinker不清楚细节，到2.pdb的时候连原子名和残基名都没了够惨的。你可以试试改用amber来优化。

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