求推荐量化计算+分子动力学模拟高性能服务器配置

知黑守白

如题，准备配一台做量化计算和分子动力学模拟的相对高性能的机器，参考了卢老师【计算化学购机配置推荐 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)】的帖子


想在 “高级双路服务器推荐配置”的配置表里面直接加上 RTX4090的显卡


但是有两个担心：1. amber20支持的cuda版本能否兼容RTX4090的nvidia驱动？     2. A2*AMD EPYC 7R32 这个CPU能否兼容intel的一系列驱动？


求各位大佬推荐一下，如何综合显卡和CPU，配置出做量化计算和分子动力学模拟的相对高性能的机器？电源需要更换更高瓦数吗？

snljty2

参考熵佬的测试Entropy.S.I：性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试 ，2023年3月MD benchmark测试首篇——4090悄悄变快了以及Entropy.S.I：2023年3月MD benchmark测试：最终章，7R32在测试过的所有CPU里面带4090表现是最差的。4090这种卡需要高频率的CPU，卢老师的你贴的那篇博文也提到了

虽然GPU加速时绝大部分运算都是GPU来跑，但是使用高端GPU加速时CPU也不能成为瓶颈，否则GPU利用率上不去。对于GROMACS等很多程序，结合如今高端GPU做GPU加速时，对CPU单核性能有较高要求，因此搭配什么CPU合适看的并不是CPU的并行峰值运算能力。

。不要都想着一台机器解决所有问题，建议CPU和GPU服务器分开。如果非要用一台解决，可以看上面的链接。

Entropy.S.I

1. amber20支持的cuda版本能否兼容RTX4090的nvidia驱动？

为什么非要用Amber20？Amber22在官网随便下载。你是商业用途？

另外，如果一定要把CPU密集型计算和GPU加速MD堆在一台机器上，只能尊重祝福

知黑守白

snljty2 发表于 2023-8-25 15:15
参考熵佬的测试Entropy.S.I：性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试 ，2023年3月MD benchmark测试 ...

好的好的，听劝！  谢谢大佬

知黑守白

Entropy.S.I 发表于 2023-8-25 16:51
为什么非要用Amber20？Amber22在官网随便下载。你是商业用途？

另外，如果一定要把CPU密集型计算和GPU ...

在公司做研究用，想要pmemd模块的
好嘞大佬，还是听劝，主要做动力学的

Farnesol

Entropy.S.I 发表于 2023-8-25 16:51
为什么非要用Amber20？Amber22在官网随便下载。你是商业用途？

另外，如果一定要把CPU密集型计算和GPU ...

感觉问题也不算很大吧？我自己是9755配5090算md的，距离benchmark并没有慢多少，如果用相对比较好的服务器u（单核睿频别过于低）可能相比9950x这种u最多也就差出去几十ns一天

tonganlhy

Farnesol 发表于 2026-3-19 20:15
感觉问题也不算很大吧？我自己是9755配5090算md的，距离benchmark并没有慢多少，如果用相对比较好的服务 ...

9755这种跟9950X差距不算很大，只是不能充分发挥而已。7r32那真是浪费4090的性能了，更不要说5090。