计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1412|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请教:关于径向分布函数RDF的问题

[复制链接 Copy URL]

29

帖子

0

威望

275

eV
积分
304

Level 3 能力者

本帖最后由 PHOENIXHMX 于 2023-8-26 15:13 编辑

做完分子模拟后计算O原子的RDF图是这样的,感觉没有收敛,这RDF是正确的吗?这是什么问题导致的?感谢解答

202308261508511809..png (12.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

RDF

RDF

433

帖子

8

威望

4322

eV
积分
4915

Level 6 (一方通行)

石墨

2#
发表于 Post on 2023-8-26 21:22:39 | 只看该作者 Only view this author
只看形状并不奇怪,如果是结构比较有序的材料体系,要完全趋近于1,距离得更长。
不过也没有什么“收敛“或者趋向1的强制要求,只要模拟本身没什么问题,现有的信息能够说明问题即可。
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

全自动反应动力学(ReaxFF、AIMD、NEP等)后处理工具网页版:http://cc-portal.xyz/reax_tools

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-8-26 21:28:16 | 只看该作者 Only view this author
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

275

eV
积分
304

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-28 09:20:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-26 21:28
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620(http:// ...

不好意思sob老师,我模拟的是氟化钙表面水分子的体系,体系大小为4*4.4*10,然后计算氧原子与钙原子的RDF,这个计算结果是正确的吗?

29

帖子

0

威望

275

eV
积分
304

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-28 09:22:48 | 只看该作者 Only view this author
这是单个钙原子的RDF,氟化钙的体系计算结果是不是应该和这个比较靠近?

202308280921502006..png (14.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

202308280921502006..png

29

帖子

0

威望

275

eV
积分
304

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-28 10:27:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-26 21:28
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620(http:// ...

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... D6%B2%BC&page=1
在这个帖子里说固液界面看密度更好,所以我做氟化钙固液界面是不是讨论沿Z轴的水分子密度分布更合适?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2023-8-28 16:01:25 | 只看该作者 Only view this author
PHOENIXHMX 发表于 2023-8-28 09:20
不好意思sob老师,我模拟的是氟化钙表面水分子的体系,体系大小为4*4.4*10,然后计算氧原子与钙原子的RDF ...

体系中那么多钙离子,程序会计算每个钙离子与氧的rdf,显然每个原子的rdf的峰的位置不同,取平均后看起来自然是一大堆峰
讨论垂直于表面氧原子的密度变化明显更有意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

275

eV
积分
304

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-29 09:11:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-28 16:01
体系中那么多钙离子,程序会计算每个钙离子与氧的rdf,显然每个原子的rdf的峰的位置不同,取平均后看起来 ...

明白了,谢谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 21:09 , Processed in 0.179015 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list