在VMD如何只显示由GAUSSIAN计算结果的指定原子的受力

dahai7719 · 发表于 Post on 2023-8-27 08:36:07

本帖最后由 dahai7719 于 2023-8-27 08:51 编辑

老师您好：我在用您博文568《在VMD中显示Gaussian计算的原子受力》一文中的脚本绘制我的体系中的原子受力时，发现因为部分原子的受力非常小，当增大set sclfac至其受力显示合适时，其他受力较大的原子受力矢量箭头已经很大，相互交织显得混乱，然后我就想只显示受力较小的原子的受力，（我想只显示我体系中原子13,15,19,22的受力，所需的.pdb文件和.log文件见附件）应该怎么做呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-27 21:50:18

脚本里if {$norm>[expr $crit*$maxf]} { 上面插入一句
if {$norm> 0.5} { continue }
其中0.5是受力上限，超过这个值就不绘制

dahai7719 · 发表于 Post on 2023-8-28 08:11:40

sobereva 发表于 2023-8-27 21:50
脚本里if {$norm>[expr $crit*$maxf]} { 上面插入一句
if {$norm> 0.5} { continue }
其中0.5是受力上限 ...

谢谢老师指点

dahai7719 · 发表于 Post on 2023-8-28 08:39:57

sobereva 发表于 2023-8-27 21:50
脚本里if {$norm>[expr $crit*$maxf]} { 上面插入一句
if {$norm> 0.5} { continue }
其中0.5是受力上限 ...

另外，我自己想着用了个笨办法，把Gaussian输出文件中原子受力部分其他原子的坐标全部改为0, 然后再应用脚本，也可以只显示想要原子的受力，就是有点疑惑，会不会造成结果的改变，从VMD显示图上是没有啥变化，就是从原理上是否说得通？还有如果想在VMD得到原子受力图标注原子受力矢量的大小，其值是否就是Gaussian输出文件中原子受力对应坐标值的模？谢谢老师的解惑！

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-28 15:57:09

dahai7719 发表于 2023-8-28 08:39
另外，我自己想着用了个笨办法，把Gaussian输出文件中原子受力部分其他原子的坐标全部改为0, 然后再应用 ...

可以
是

dahai7719 · 发表于 Post on 2023-8-28 20:12:08

sobereva 发表于 2023-8-28 15:57
可以
是

谢谢老师解答！

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[建模与可视化] 在VMD如何只显示由GAUSSIAN计算结果的指定原子的受力