如何获得与受体结合的配体小分子的rotamer library

tianflame

我阅读了sob老师的《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》后，受益匪浅。有以下问题想请教一下大家，谢谢：

如图所示的小分子配体（黄色）深入结合到了受体蛋白疏水腔空洞中，我想改造配体周围的氨基酸残基，加强配体-受体的结合能力。由于小分子配体的柔性较大，而周围残基突变后会改变结合方式，因此会有很多种不同的rotamer，如何得到各种可能的rotamer？用动力学模拟的方式可行吗？具体应该如何实现呢？

sobereva

你这体系不大，直接用molclus里的gentor挨个对可旋转的二面角扫描并优化即可，之后用isostat去掉重复结构。