wsl2下GMX性能低下，Wait GPU state copy耗时极长

zdworld

在WSL2下编译了gmx 2023.2版本，发现比起win下预编译的2023.2版本性能差距很大。
左边是wsl2下性能表现，右侧是win下预编译的同版本。

同一体系，任务分配如下。

1. gmx mdrun -s tpr/4-md.tpr -x xtc/4-md.xtc -c gro/4-md.gro -e edr/4-md.edr -g log/4-md.log -cpo cpt/4-md.cpt -nb gpu -pme gpu -pmefft gpu -bonded cpu -v

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主要问题在于wait gpu state copy。请问可能的原因是什么？

exity

WSL2是完全体的虚拟机，和非挂载系统通讯是通过模拟网络来进行的。所以效率低下，其磁盘性能也一直被人诟病。
解决方法是买一个新的硬盘，直接mount到WSL2里，所有操作都在这个磁盘上进行，性能大概率就能恢复。

lonemen

exity 发表于 2023-9-9 09:16
WSL2是完全体的虚拟机，和非挂载系统通讯是通过模拟网络来进行的。所以效率低下，其磁盘性能也一直被人诟病 ...

那请问wsl挂载物理机的一个磁盘分区，跟挂载一个新硬盘，速度区别大吗？谢谢！

exity

lonemen 发表于 2023-9-9 10:20
那请问wsl挂载物理机的一个磁盘分区，跟挂载一个新硬盘，速度区别大吗？谢谢！

这个我一直想试一下，又怕试了之后本来windows里的文件都会丢失，所以不知道 T_T

lmch

这个计数器只是CPU”空载”等待GPU回传数据的时间，跟gmx计算效率没啥关系。事实上，gmx 2023版mdrun默认选项，

The mdrun -update auto will by default map to GPU if supported. This gives a significant performance improvement with a single MPI rank.

再者，如果mdrun选项再加上-bonded gpu，那么绝大多数计算都在gpu上进行，cpu便空闲下来，此项计数器的时间自然大为增长。

以下为gmx论坛讨论https://gromacs.bioexcel.eu/t/re ... gle-gpu-runs/3555/2原文：

Nothing abnormal here, as you offload all CPU force compute the CPU has no useful work to do and after enqueuing GPU work for a sequence of steps until the CPU requires results (e.g. for pair search of I/O) it waits for the GPU to complete work. That is the wall-time measured in the above counter.

此外，众所周知，任何虚拟机都会带来性能损失，wsl也不例外。虚拟机影响cpu-gpu通信效率，从而使得整体计算效率降低。

zdworld

lmch 发表于 2023-9-9 16:14
这个计数器只是CPU”空载”等待GPU回传数据的时间，跟gmx计算效率没啥关系。事实上，gmx 2023版mdrun默认选 ...

明白了，感谢回复

aklize

我也是这样，同样的一个任务，在windows上跑的时候效率极其低下， Wait GPU state copy 数值很大。配置更差的另一台电脑跑一样的任务反而速度更快。想问下楼主解决了这个问题吗

abin

直接使用Linux就行了，就没有这些麻烦了。

Windows subsystem for Linux, is not a Linux distribution.
你要把这个当作生产环境的标准Linux系统来用，
估计会遇到一些意想不到的问题。