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[GROMACS] 使用RDF及其累计数曲线计算配位数问题

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本帖最后由 LHY1999LHY 于 2023-9-12 15:43 编辑

大家好,最近使用GROMACS gmx rdf命令与-cn,得到体系中bmim+上N原子(有两个N,选取其中一个N)与其周围水分子上O原子的RDF与累计数曲线,如图片所示
我的疑惑是,二者交点在第二个峰,得到的3.244是否代表着O在N周围第二溶剂壳层的配位数,还是有其他意义?谢谢大家。

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发表于 Post on 2023-9-12 17:37:00 | 只看该作者 Only view this author
两条曲线的物理意义完全不一样,交点没有任何意义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-12 18:42:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-12 17:37
两条曲线的物理意义完全不一样,交点没有任何意义

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2025-6-20 11:14:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-12 17:37
两条曲线的物理意义完全不一样,交点没有任何意义

老师您好,请问贴主这张图中,rdf第一个峰谷作垂线与配位数曲线交点的y坐标值即为第一层配位数吗?

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发表于 Post on 2025-6-21 04:21:00 | 只看该作者 Only view this author
Starrymoon 发表于 2025-6-20 11:14
老师您好,请问贴主这张图中,rdf第一个峰谷作垂线与配位数曲线交点的y坐标值即为第一层配位数吗?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-6-22 14:49:05 | 只看该作者 Only view this author

好的,非常感谢老师

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