求助gmx insert-molecules插入分子显示position.dat错误

emission · 发表于 Post on 2023-9-17 19:48:09

我想要把一个有机小分子插入磷脂膜中间，已经用charmm-gui生成了磷脂双层膜，小分子的拓扑文件也有，但是用gmx insert-molecules -f npt.gro -ci MXF-R.gro -o complex.gro -ip position.dat -nmol 1 -dr 0.2 0.2 0.2 -replace这个命令时报错了，
Fatal error:
Expected 3 columns (x/y/z coordinates) in file position.dat

我的position.dat文件只有一行：3.200 3.200 4.100请问这是什么原因呀？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-18 10:42:19

去掉-nmol 1，dat文件末尾空一行再试

emission · 发表于 Post on 2023-9-18 21:39:05

sobereva 发表于 2023-9-18 10:42
去掉-nmol 1，dat文件末尾空一行再试

谢谢Sob老师，dat文件空一行就好了

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[GROMACS] 求助gmx insert-molecules插入分子显示position.dat错误

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