关于gromcas运行效率

diaok

应该如何优化gromacs的运行效率？

单台服务器上只能调整分给pme的mpi数目吗？
在一台64核服务器上测试了几个任务
好像使用mpi比omp的核效率更高，而且omp有数目限制
pme的核都是自动分配的
mdrun     -ntmpi   N   -ntomp 1   -pin on
用64核运行78ns/day
用16核39ns/day
尝试增加一个16核的任务
结果反而两个任务都被拖慢了  第二个任务显示只有8ns/day

单机运行gromacs是只能跑一个任务吗？  似乎其他任务比如vasp也会影响他的效率
另外的mpi版gromacs也是这样吗？

diaok

补充下
http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-907229 .html

总节点数	-dd X Y Z	-npme	性能		性能损失(*)
			ns/day	hour/n
32	auto 6 4 1	auto 8	5.061	4.742	13.4%
64	auto (48)	auto 16	错误
	8 6 1	16	9.325	2.574	11.6%
	7 7 1	15	9.836	2.440	10.2%
	9 6 1	10	9.945	2.413	5.3%
96	9 9 1	15	14.470	1.659	5.2%
	12 7 1	12	错误

这里的优化是针对多节点
单台机器是否需要用mpi版进行同样优化？

不过最关键的是有其他任务存在时能不能减小这个影响？

diaok

仔细看了下手册  
两个任务的看起来像是超线程影响
gmx mdrun -nt 6 -pin on -pinoffset 0
gmx mdrun -nt 6 -pin on -pinoffset 3
要再加上一个参数把任务分到别的cpu上
Starts two mdrun processes, each with six total threads. Threads will have their affinities set to particular logical cores, beginning from the logical core with rank 0 or 3, respectively. The above would work well on an Intel CPU with six physical cores and hyper-threading enabled. Use this kind of setup only if restricting mdrun to a subset of cores to share a node with other processes.

例子中6 6 10的体系分解成了9 6 1、9 9 1 损失最小
dd区域分解好像不需要对应上空间