怎样固定分子跑动力学？

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-9-7 11:00:17

本帖最后由浅原问问于 2016-9-7 11:02 编辑

各位老师好，我在做PO（环氧丙烷）和离子液体的动力学模拟时，发现PO总是跑到盒子边缘，后来看文献发现可以把PO固定在盒子中央不动，周围的离子液体正常跑动力学。请问老师，应该怎样固定住PO在盒子中间呢？谢谢老师！

greatzdk · 发表于 Post on 2016-9-7 12:24:38

如果周期边界加了，你只需要处理一下即可，跑到哪无所谓。

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-7 12:33:05

一开始把PO放到中间，然后加个谐振势或者冻结即可

xujian · 发表于 Post on 2016-9-7 15:15:14

把需要固定的原子的beta值改成1，再在配置文件中加谐振势

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-9-9 15:52:04

sobereva 发表于 2016-9-7 12:33
一开始把PO放到中间，然后加个谐振势或者冻结即可

谢谢老师！但是我现在建盒子的时候想把PO放中间，试了好几种方法都不行。修改input.inp中的x,y,z坐标总是不成功；VMD可视化后把PO挪到中间可是不能保存新的pdb；把pdb放到UE里头把每个PO的坐标值都加上相同的数，可以挪到中间但是发现PO会变形。。。我查资料也没找到别的方法，请问老师，应该怎么把PO放到盒子中间啊？麻烦您了老师

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-9-9 15:53:22

xujian 发表于 2016-9-7 15:15
把需要固定的原子的beta值改成1，再在配置文件中加谐振势

好的，谢谢您！

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-9-9 15:55:09

greatzdk 发表于 2016-9-7 12:24
如果周期边界加了，你只需要处理一下即可，跑到哪无所谓。

加周期性边界条件了，但是每次都跑到很边缘几乎要出盒子的地方，所以想直接固定到中间，谢谢您！

wbn · 发表于 Post on 2016-9-10 00:58:59

浅原问问发表于 2016-9-9 15:55
加周期性边界条件了，但是每次都跑到很边缘几乎要出盒子的地方，所以想直接固定到中间，谢谢您！

跑到边界无所谓的，完全不影响结果分析。你固定的话反而可能因为增加的势函数导致结果不准确

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-10 01:54:15

浅原问问发表于 2016-9-9 15:52
谢谢老师！但是我现在建盒子的时候想把PO放中间，试了好几种方法都不行。修改input.inp中的x,y,z坐标总是 ...

你在leap里给PO加溶剂盒子，设定PO距离盒子各方向的距离值，之后在xleap里直接就会看到PO是在中间的
和模拟蛋白一样，加的水盒子也是绕着分子四周的

therotyonth · 发表于 Post on 2016-9-20 21:22:50

如果只是查看的时候跑外面去了的话，使用reimage还是image（cpptraj中）处理一下重新使用VMD查看，应该是在里面的。这个理论上来说不影响计算。（使用周期性边界条件）

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