做QM/MM时元素符号的处理

alystone · 发表于 Post on 2016-9-7 14:02:46

我在用QM/MM方法做关于包含 Cs元素体系的时候，在动力学部分比较正常，但是在用到QM/MM方法自动生成量子化学输入文件的时候，我发现总是把我的Cs元素转换成了C元素，请问Amber程序中这个元素的转换关系文件在哪里。

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-7 23:53:59

可以把产生输入文件过程中Amber的提示语句用grep在源代码目录中进行搜索，找到相关的源文件，然后顺藤摸瓜很容易就能定位位置

therotyonth · 发表于 Post on 2016-9-20 21:24:40

个人认为是你开始使用的pdb文件里面的Cs原子部分位置偏移了，可以尝试更改之后试一下。（建议往左移动一个位置）

lujun · 发表于 Post on 2017-3-10 16:07:53

sobereva 发表于 2016-9-7 23:53
可以把产生输入文件过程中Amber的提示语句用grep在源代码目录中进行搜索，找到相关的源文件，然后顺藤摸瓜 ...

这段代码我找到过，修改了它的源码仍然不行。这段代码在sqm下面的qmmm_module.F90的988行：
if( Upcase(atom_name(1:1)) .eq. 'A' ) then
   if(atom_mass > 24.0d0 .and. atom_mass <= 28.0d0) then
      atomic_number =  13 !Aluminium
   elseif(atom_mass > 35.0d0 .and. atom_mass <= 40.0d0) then
      atomic_number =  18 !Argon
   elseif(atom_mass > 73.0d0 .and. atom_mass <= 77.0d0) then
      atomic_number =  33 !Arsenic
   elseif(atom_mass > 106.0d0 .and. atom_mass <= 109.0d0) then
      atomic_number =  47 !Silver
   elseif(atom_mass > 195.0d0 .and. atom_mass <= 199.0d0) then
      atomic_number =  79 !Gold
   elseif(atom_mass > 208.0d0 .and. atom_mass <= 212.0d0) then
      atomic_number =  85 !Astatine
   else
      localErrorFlag=.true.
   endif
......
我尝试修改这部分代码，使之能够用于所有元素的辨别，重新编译，结果仍然不行。
估计还有其它地方控制着。

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