计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2297|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] gromacs中如何统计π-π相互作用数目

[复制链接 Copy URL]

17

帖子

0

威望

115

eV
积分
132

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师好,请问gromacs中如何统计分子间π-π相互作用数目,据我所知貌似没有这个指令,那在Multiwfn或其他软件中能否实现?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120064

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-10-13 04:02:17 | 只看该作者 Only view this author
如果就统计一帧的话,用Multiwfn绘制IRI图,肉眼一看就知道有多少pi-pi作用
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html

如果是对轨迹进行统计,只能自己定义一些几何参数,比如环之间的距离、夹角等,作为判断阈值。可以自己写tcl脚本实现,也可以参考比如
计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
http://sobereva.com/590http://bbs.keinsci.com/thread-21806-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

17

帖子

0

威望

115

eV
积分
132

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-15 11:47:15 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob老师解答

192

帖子

0

威望

1143

eV
积分
1335

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2025-8-2 11:08:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-13 04:02
如果就统计一帧的话,用Multiwfn绘制IRI图,肉眼一看就知道有多少pi-pi作用
使用IRI方法图形化考察化学体 ...

sob老师好,请问如果想要用IRI-pai统计动力学中某一帧的pai-pai作用的话,只有结构信息和原子类型,应该如何获取体系的波函数信息呢?体系的原子数比较多,大概有数万个原子
社会浮躁

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120064

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2025-8-2 21:13:11 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2025-8-2 11:08
sob老师好,请问如果想要用IRI-pai统计动力学中某一帧的pai-pai作用的话,只有结构信息和原子类型,应该 ...

那叫pi不叫pai

当前情况不适合IRI-pi,即便只依赖于结构信息的mIGM或aIGM也算不动,顶多是从盒子里抠出有代表性的一部分团簇进行这类分析讨论。如果要全面考察pi-pi作用出现的数目以及随时间的变化,需要自己写脚本基于几何判据对轨迹进行分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

192

帖子

0

威望

1143

eV
积分
1335

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2025-8-4 16:03:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-2 21:13
那叫pi不叫pai

当前情况不适合IRI-pi,即便只依赖于结构信息的mIGM或aIGM也算不动,顶多是从盒子里抠 ...

谢谢sob老师
社会浮躁

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 23:04 , Processed in 0.168425 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list