gromacs关于moleculetype的定义问题

姜酱将 · 发表于 Post on 2023-10-12 16:25:08

在有关于sobtop使用的这篇贴文里面，社长提到关于moleculartype的定义问题，我在做混相油的吸附，建立油模型我是直接用packmol建立的，导出为pdb文件后所有组分的molecular name都是mol，我又想用sobtop直接去加力场，这就导致了我现在区分不开组分。想问下能区分开组分的做法（流程）是怎样的。另外就是packmol生成的pdb文件中关于组分名字的定义（类似于我图中对于石墨烯板的名字GRA），我能指定让packmol插入的每种组分都是一个不同的名字吗？
新手上路，请各位老师多多指教。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-10-12 17:38:29

先准备好每一个组分的pdb文件和对应的itp，二者的原子顺序需要保持一致；然后用packmol将各个pdb按照数目混合成模拟的盒子，gromacs的top里面include对应的itp，并且组分的分子顺序和数目和packmol建模的适合保持一致即可，不需要管pdb里面具体是怎么写的，因为生成的gro文件会根据top文件里面的组分名称将原子分好组的。
你可以参考这个案例：https://autoff.readthedocs.io/en ... ml#phase-separation

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-13 04:11:20

那叫moleculetype不叫moleculartype

假设你用packmol插入了200个A和100个B分子，你就用sobtop创建A和B各自的itp，假设moleculetype里名字分别叫A和B，在[molecules]里写
A 200
B 100
就完了，拓扑文件的原子顺序直接就和结构文件里的顺序对应。

根本不用管pdb里的残基名。用pdb2gmx的时候才需要管这个。

姜酱将 · 发表于 Post on 2023-10-13 12:43:10

slxc920113 发表于 2023-10-12 17:38
先准备好每一个组分的pdb文件和对应的itp，二者的原子顺序需要保持一致；然后用packmol将各个pdb按照数目混 ...

谢谢您的回答，这对我很有帮助！

姜酱将 · 发表于 Post on 2023-10-13 12:43:44

sobereva 发表于 2023-10-13 04:11
那叫moleculetype不叫moleculartype

假设你用packmol插入了200个A和100个B分子，你就用sobtop创建A和B各 ...

好的，谢谢社长的回复！

姜酱将 · 发表于 Post on 2023-10-13 20:46:45

slxc920113 发表于 2023-10-12 17:38
先准备好每一个组分的pdb文件和对应的itp，二者的原子顺序需要保持一致；然后用packmol将各个pdb按照数目混 ...

再请教一个问题，假设我的结构是由上到下：A B A，那么我建立top文件的时候是要#include A #include B #include A 还是直接#include A #include B，然后在molecular type输入数量呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-13 20:58:49

姜酱将发表于 2023-10-13 20:46
再请教一个问题，假设我的结构是由上到下：A B A，那么我建立top文件的时候是要#include A #include B #i ...

sobtop对每种单分子建立itp文件，此后每种分子的itp只需要include一遍
[molecules]里和结构文件顺序对应上就完了，比如pdb/gro文件里A、B交替一个一个出现，这个字段就写：
A 1
B 1
A 1
...

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