求助：想请各位有经验的前辈指引一下对高温高压下淀粉的交联过程进行模拟软件的选择

Lingwei12138 · 发表于 Post on 2023-10-12 18:30:30

看了一些帖子和教程，稍微了解了分子模拟这边能用的一些软件，真的感觉很多很强大。但是对于软件的选择有些纠结，目前想要达到的一个效果是能够对高温高压下淀粉的交联过程进行模拟，不知各位前辈认为GROMACS或者Materials Studio等等哪一个软件推荐于做这类的分子动力学模拟呢。

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-12 20:05:01

如果仅仅是模拟淀粉的动力学，不牵扯化学键的形成，基于经典力场跑动力学就可以，GROMACS或者AMBER是首选。M$又贵又巨慢又巨不灵活，本身也根本不适合生物分子模拟，用那东西毫无前途

如果牵扯形成化学键就很麻烦了，做动力学的话速度和可靠性不可兼得，对于此问题也没有非常成熟、理想的做法。若基于动力学角度研究这个，用CP2K跑GFN1-xTB级别下的动力学可以试试，但是能模拟的时间和空间尺度很有限。虽然用lammps跑reaxff反应力场或许也行，能算得动更大时间和空间尺度，但未必可靠，如果你能搜到有reaxff研究这种问题的文章的话可以试试。要么就先做经典力场的高温高压的动力学，将轨迹中取出局部区域，用量子化学进行静态的计算（优化极小点和过渡态、产生反应路径）来研究交联位点的微观瞬间成键的过程。

Lingwei12138 · 发表于 Post on 2023-10-14 00:54:59

sobereva 发表于 2023-10-12 20:05
如果仅仅是模拟淀粉的动力学，不牵扯化学键的形成，基于经典力场跑动力学就可以，GROMACS或者AMBER是首选。 ...

非常感谢老师您的回复！我会好好理解、学习一下！

1498738751 · 发表于 Post on 2024-11-13 22:07:38

Lingwei12138 发表于 2023-10-14 00:54
非常感谢老师您的回复！我会好好理解、学习一下！

我也想模拟一下淀粉的糊化和回生过程，请问您现在用的什么软件模拟呢？想想向您请教一下

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