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[GROMACS] gromacs出现Syntax error - File CH4.itp, line 3“错误

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本帖最后由 姜酱将 于 2023-10-13 22:15 编辑

C12H26.itp (34.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)
CH4.itp (2.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)
Layer.gro (146.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
Layer.top (450 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 8)
mini.mdp (389 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)
上面是sobtop生成的itp以及gro文件,Layer.top文件已被我修改为:
#include gra_vmd.itp
#include CH4.itp
#include C12H26.itp
运行能量最小化mdp(文件来自于sob老师某一篇贴文回复:http://bbs.keinsci.com/thread-28452-1-1.html)时出现图示报错,请教各位该如何解决?gra_vmd.itp文件可以正确读取,但由于大小限制无法上传,所以在附件中未有此文件。




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发表于 Post on 2023-10-14 00:14:10 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈的问题,参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt



诸如你的CH4.itp里有[ atomtypes ]字段,在定义了[ moleculetype ]的gra_vmd.itp之后include,明显不行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-12-1 10:50:14 | 只看该作者 Only view this author

sob老师您好,您的意思是吧小分子的[atomtypes]字段剪切到top文件的[moleculetype]的前面吗

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发表于 Post on 2023-12-2 11:01:28 | 只看该作者 Only view this author
themanell 发表于 2023-12-1 10:50
sob老师您好,您的意思是吧小分子的[atomtypes]字段剪切到top文件的[moleculetype]的前面吗

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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