如何计算晶胞的边界(cell boundary)？

MOFs的小奴隶

各位老师好，我的目标是计算吸附质分子在MOF材料晶胞内的均方位移（MSD），我想知道我的结果有没有扩散到晶胞的外面，由此来确定材料释放能力的强弱。
比如文献中提及的cell boundary，请问我该如何进行计算呢？下图是Bio-MOF-100吸附布洛芬（IBU）后进行分子动力学模拟得到的MSD。

我选择的是K-CD-MOF晶胞吸附IBU，下图分别为K-CD-MOF的晶胞参数和我的MSD结果。顺便还想问问各位老师，为什么我的MSD图后面会有一个这么大的波动呢？该如何解决或者解释呢？

该图为我的MD参数设置。