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本帖最后由 llc 于 2023-10-30 16:46 编辑
Intel 编译QE-7.0
0. 前言
按照sob老师的帖子Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)在我工作站上安装时,总是会有许多warning导致编译不成功( 我工作站的cpu为EPYC 7v12,128核,系统为Rocky Linux 9.1),更换qe和mpi版本都无济于事,于是尝试安装Intel编译器,顺利编译qe7.0。
1. 安装intel编译器
首先去官网下载Download the Intel oneAPI HPC Toolkit安装包 l_HPCKit_p_2023.2.0.49440_offline.sh 和 l_onemkl_p_2023.2.0.49497_offline.sh,前一个是编译器,后面一个是mkl库,都下最新版本即可。然后上传到服务器。
我这里以普通用户来进行安装。执行以下命令:
chmod +x l_HPCKit_p_2023.2.0.49440_offline.sh ##给文件执行权限
./l_HPCKit_p_2023.2.0.49440_offline.sh ##执行安装文件
然后会有提示,按上下左右键进行选择,一步步安装直到最后出现Modify选项的时候,代表安装结束。
以同样的方法安装mkl库:
chmod +x l_onemkl_p_2023.2.0.49497_offline.sh
./l_onemkl_p_2023.2.0.49497_offline.sh
intel 默认按装在用户目录,比如我的就是安装在/home/llc/下面,此时此目录下会有一个intel的文件夹,里面就是Intel加mkl库了。进入目录 /home/llc/intel/oneapi/,会发现有两个可执行文件,modulefiles-setup.sh和setvars.sh,前者用于生成一个路径文件,执行./modulefiles-setup.sh后,该目录下会多一个 modulefiles的 文件夹,里面有各种变量的路径。然后执行
source ./ setvars.sh
将刚才产生的变量导入进当前shell窗口。此时可以执行以下命令查看是否安装成功:
icc --version
icpc --version
ifort --version
mpirun --version
echo $MKLROOT
如果可以正常输出,代表安装成功。此时环境的编译器都为intel的了。
2. 安装QE
官网下载qe安装包https://github.com/QEF/q-e/releases,解压,tar -zvxf qe-7.0-ReleasePack.tgz,进入解压出来的目录qe-7.0,执行
./configure ##./configure后面可以加诸如--disable-parallel的指令,具体解释看Quantum ESPRESSO tutorial: Installation (uniud.it)
make all install -j
没报错的话,qe-7.0目录会出现bin目录,里面有各种.x结尾的可执行程序,代表安装成功。
3. 添加路径
添加Intel编译器路径:source /home/llc/intel/oneapi/setvars.sh #注意换成你自己的路径
添加QE路径:export PATH=$PATH:/home/llc/software/qe-7.0/bin/
此时重新打开终端就可以使用QE了
为了使 icc 和 gcc 隔离开,可以添加限制条件,使得输入特定指令之后才能加载intel编译器以及mkl数学库。这样不至于混乱,出现用gcc编译的软件不能用的情况。
alias qe70='export useqe70=Y;source ~/.bashrc'
if [ "$useqe70" == "Y" ]
then
export PATH=$PATH:/home/llc/software/qe-7.0/bin/
source /home/llc/intel/oneapi/setvars.sh
fi
这样打开新的终端时,不直接打开intel编译器,也不加载QE路径。只有在终端输入”qe70“时,才会加载intel编译环境和QE的路径。
4. 测试
请参照sob老师的帖子Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)
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