请问一下质子化和脱质子的能量变化如何计算

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2023-10-30 15:59:51

比如 A + H+ == AH+ 的反应，我把反应处理成：

A + H3O+ == AH+ + H2O

然后计算Gibbs自由能变，发现特别大，大概 -50 kcal/mol，之后用类似方法计算另外一个脱质子的反应的deltaG是62 kcal/mol，感觉不太对。

是计算方法的问题吗？这类反应应该怎么计算Gibbs自由能变

seenbefore · 发表于 Post on 2023-10-30 20:08:39

你是想算pKa吧，质子不能简单处理为H3O+。质子的水合能目前常用的数据是-265.9 kcal/mol，见J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7787和J. Phys. Chem. B 2006, 110, 16066

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2023-10-30 21:10:04

seenbefore 发表于 2023-10-30 20:08
你是想算pKa吧，质子不能简单处理为H3O+。质子的水合能目前常用的数据是-265.9 kcal/mol，见J. Phys. Chem. ...

不是的，想算机理，有一步加质子，一步脱质子，能垒图看起来很奇怪

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-31 06:07:28

交代完整计算细节。诸如是否用了隐式溶剂模型、什么溶剂都没说，没法判断合理性
仅用一个H2O作为显式水描述水合质子不是一定不可以，但绝对误差会很大，能用的前提是横向对比时能把误差充分抵消掉

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2023-10-31 09:25:32

sobereva 发表于 2023-10-31 06:07
交代完整计算细节。诸如是否用了隐式溶剂模型、什么溶剂都没说，没法判断合理性
仅用一个H2O作为显式水描 ...

Sob老师好，用的是B3LYP-D3(BJ)/6-311G(d,p)优化结构，计算Gibbs自由能校正量，revDSD-PBEP86-D3(BJ)/cc-pvQZ计算单点，没有加溶剂模型（实验用的是稀乙酸溶液），反应体系是15个左右的CNO原子。现在就想怎么把加质子前后的能量差给降下去。

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-31 09:55:44

显然得带隐式溶剂模型

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2023-10-31 10:18:11

sobereva 发表于 2023-10-31 09:55
显然得带隐式溶剂模型

是优化能量都要带吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-31 10:25:43

mfdsrax2 发表于 2023-10-31 10:18
是优化能量都要带吗？

最好都

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2023-10-31 10:47:43

sobereva 发表于 2023-10-31 10:25
最好都

那这个工作量就大了，基本全都得推倒重算。最后再请教一下，实验用的是20%乙酸，用溶剂模型时候是直接用水还是自定义一个介电常数

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-1 05:50:28

mfdsrax2 发表于 2023-10-31 10:47
那这个工作量就大了，基本全都得推倒重算。最后再请教一下，实验用的是20%乙酸，用溶剂模型时候是直接用 ...

根据下文按体积比自定义混合溶剂
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

wangwei123 · 发表于 Post on 2024-9-25 22:15:29

mfdsrax2 发表于 2023-10-30 21:10
不是的，想算机理，有一步加质子，一步脱质子，能垒图看起来很奇怪

您好，我最近也遇到了这个问题，请问一下您质子的能量是咋算的呢？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 请问一下质子化和脱质子的能量变化如何计算