vasp报错咨询

hzf

我使用是intel oneapi base toolkit2023，vasp6.3.0，这两套软件我安装在我的主控节点的/opt/software路径，切节点都使用该目录并挂载这个共享目录，在机器1上我使用vasp计算异常，下面是我的命令
source /opt/software/intel/oneapi/setvars.sh --force
/opt/software/intel/oneapi/mpi/2021.9.0/bin/mpirun  /opt/software/vasp.6.3.0-constr-wannier-intelmpi/bin/vasp_std 2>&1 | tee vasp-cpu.log


下面是我异常节点的报错
[node2:24059:0:24059] Caught signal 11 (Segmentation fault: address not mapped to object at address 0x54b6)
==== backtrace (tid:  24059) ====
=================================
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
vasp_std           000000000210EECE  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007F9883389630  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           000000000210EAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007F9883389630  Unknown               Unknown  Unknown


下面是正常节点的结果
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR found type information on POSCAR Fe
POSCAR found :  1 types and     168 ions
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ... GRIDC
FFT: planning ... GRID_SOFT
FFT: planning ... GRID
WAVECAR not read
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.902727997835E+04    0.90273E+04   -0.39808E+05 23984   0.983E+02
DAV:   2    -0.635668846795E+03   -0.96629E+04   -0.90394E+04 23784   0.303E+02
DAV:   3    -0.141523991939E+04   -0.77957E+03   -0.63745E+03 24760   0.108E+02
DAV:   4    -0.147839391224E+04   -0.63154E+02   -0.55756E+02 31768   0.301E+01
DAV:   5    -0.148104386544E+04   -0.26500E+01   -0.25785E+01 31960   0.615E+00    0.132E+02
RMM:   6    -0.185469084417E+04   -0.37365E+03   -0.28571E+03 23899   0.875E+01    0.304E+02
RMM:   7    -0.153193466175E+04    0.32276E+03   -0.59300E+02 23909   0.327E+01    0.224E+02
RMM:   8    -0.151764831815E+04    0.14286E+02   -0.54976E+02 24353   0.362E+01    0.192E+02
RMM:   9    -0.142933363886E+04    0.88315E+02   -0.12484E+02 23962   0.193E+01    0.156E+02
RMM:  10    -0.142091763761E+04    0.84160E+01   -0.18933E+02 24060   0.228E+01    0.165E+02
RMM:  11    -0.133717936505E+04    0.83738E+02   -0.59597E+01 24032   0.130E+01    0.101E+02
RMM:  12    -0.133064661234E+04    0.65328E+01   -0.60344E+01 24148   0.130E+01    0.971E+01
RMM:  13    -0.133061485103E+04    0.31761E-01   -0.55526E+01 24343   0.111E+01    0.925E+01
RMM:  14    -0.130621152903E+04    0.24403E+02   -0.30659E+01 23896   0.989E+00    0.456E+01
RMM:  15    -0.130904725550E+04   -0.28357E+01   -0.82268E+00 24035   0.389E+00    0.396E+01
RMM:  16    -0.130918910721E+04   -0.14185E+00   -0.24648E+00 24738   0.154E+00    0.382E+01
RMM:  17    -0.130919828747E+04   -0.91803E-02   -0.61068E-01 26538   0.667E-01    0.387E+01
RMM:  18    -0.130897952233E+04    0.21877E+00   -0.11896E+00 26668   0.136E+00    0.421E+01
RMM:  19    -0.130736745368E+04    0.16121E+01   -0.73217E+00 32683   0.368E+00    0.462E+01
RMM:  20    -0.130521937683E+04    0.21481E+01   -0.82858E+00 33032   0.394E+00    0.488E+01
RMM:  21    -0.130369378358E+04    0.15256E+01   -0.61770E+00 32342   0.322E+00    0.467E+01
RMM:  22    -0.130328773671E+04    0.40605E+00   -0.31753E+00 31055   0.245E+00    0.510E+01
RMM:  23    -0.130340716474E+04   -0.11943E+00   -0.12643E+00 26931   0.156E+00    0.515E+01
RMM:  24    -0.130333641890E+04    0.70746E-01   -0.26226E-01 24028   0.759E-01    0.494E+01


我应该怎么排查呢

wsz

先执行一下 ulimit -s unlimited

hzf

wsz 发表于 2023-11-2 14:38
先执行一下 ulimit -s unlimited

已经执行
任旧是一样的报错

:: initializing oneAPI environment ...
   slurm_script: BASH_VERSION = 4.2.46(2)-release
   args: Using "$@" for setvars.sh arguments: --force
:: advisor -- latest
:: ccl -- latest
:: clck -- latest
:: compiler -- latest
:: dal -- latest
:: debugger -- latest
:: dev-utilities -- latest
:: dnnl -- latest
:: dpcpp-ct -- latest
:: dpl -- latest
:: inspector -- latest
:: ipp -- latest
:: ippcp -- latest
:: ipp -- latest
:: itac -- latest
:: mkl -- latest
:: mpi -- latest
:: tbb -- latest
:: vtune -- latest
:: oneAPI environment initialized ::

[node2:44714:0:44714] Caught signal 11 (Segmentation fault: address not mapped to object at address 0x54b6)
==== backtrace (tid:  44714) ====
=================================
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
vasp_std           000000000210EECE  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007FE5B58ED630  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           000000000210EAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007FE5B58ED630  Unknown               Unknown  Unknown

hzf

hzf 发表于 2023-11-3 09:27
已经执行
任旧是一样的报错

[root@node2 software]# ulimit -a unlimited
core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 768251
max locked memory       (kbytes, -l) unlimited
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) unlimited
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 768251
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited
上面是我们的cpu和内存的限制情况，可以看到这个已经是无限制的了