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[CP2K] cp2k 使用CI-NEB计算过渡态报错Cholesky decomposition failed. Matrix ill condit...

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老师们好!我在用CP2K使用CI-NEB计算Xe原子在SiC相邻两个八面体间隙之间的过渡态,始末结构已经优化过了,用sobNEB生成了32个副本,每个副本分配6个线程,multiwfn生成的NEB.inp,但是刚开始运行的时候报了这个Cholesky decomposition failed. Matrix ill conditioned ?错误,用的192核的服务器跑的,试着用了不同版本的cp2k, popt ,psmp 都是这样,后来尝试改变计算级别由原来的PBE+DFT-D3(BJ)改成GFN1-xTB大概跑了17步还是出现了这个问题,不知道该如何解决?下边是我的输入文件,输出文件和始末结构,还有sobNEB生成的副本。

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A_opted.xyz

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B_opted.xyz

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NEB.inp

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NEB.out

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副本.rar

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发表于 Post on 2023-11-9 19:08:45 | 只看该作者 Only view this author
改用对角化代替OT试试

插点没必要那么多,过于昂贵

随便看了下10.xyz,Xe与Si离得太近,本来Xe的半径就很大,这可能会造成数值问题。尝试重新产生插点,尽可能避免原子间过近距离出现。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-16 14:15:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-9 19:08
改用对角化代替OT试试

插点没必要那么多,过于昂贵

社长,我用了对角化,最后跑出来的结果过渡态的能量比始末要低,是不是没有过渡态或者是路径上应该有中间态呀,而且我看了一下BAND.out,发现每个点都没有达到收敛的条件,是我反应路径选的不对么

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QQ截图20231116140913.png

NEB.out

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NEB_traj.xyz

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发表于 Post on 2023-11-17 01:07:08 | 只看该作者 Only view this author
shaozhuang 发表于 2023-11-16 14:15
社长,我用了对角化,最后跑出来的结果过渡态的能量比始末要低,是不是没有过渡态或者是路径上应该有中间 ...

不一定没过渡态,但至少当前NEB轨迹对应的路径没过渡态。可以用中间那个结构做个几何优化,看看能跑到什么结构,然后再考虑是否有其它路径、过渡态的可能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-17 11:12:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-17 01:07
不一定没过渡态,但至少当前NEB轨迹对应的路径没过渡态。可以用中间那个结构做个几何优化,看看能跑到什 ...

好的老师,是不是所有band的4个收敛条件都达到,结果才算准确呢

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发表于 Post on 2023-11-17 12:43:19 | 只看该作者 Only view this author
shaozhuang 发表于 2023-11-17 11:12
好的老师,是不是所有band的4个收敛条件都达到,结果才算准确呢

也不是非得那么苛刻
从能量上看,变化很小时就基本可以当做收敛
而且从实际用途上来说,NEB的每个点也不需要像几何优化那样收敛得很精确,只要NEB轨迹能把反应路径正确描绘出来就够了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-20 15:36:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-17 12:43
也不是非得那么苛刻
从能量上看,变化很小时就基本可以当做收敛
而且从实际用途上来说,NEB的每个点也 ...

谢谢老师,重新找了一个路径结果正常了,我想问老师,cp2k 用AIMD通过MSD算Xe间隙原子在SiC中的扩散系数是不是 等同于 相同情况下 用CI-NEB通过设置几个可能的扩散路径求得的几个相应的扩散系数的平均呢?AIMD是不是需要模拟够长的时间才能体现出来这个平均(对于那些扩散系数小的原子)

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发表于 Post on 2023-11-21 01:48:57 | 只看该作者 Only view this author
shaozhuang 发表于 2023-11-20 15:36
谢谢老师,重新找了一个路径结果正常了,我想问老师,cp2k 用AIMD通过MSD算Xe间隙原子在SiC中的扩散系数 ...

CI-NEB并不给你扩散系数,这是静态的计算
顶多是用AIMD跑出来的扩散系数折算出来的活化能和CI-NEB计算的势垒相对比
想算准扩散系数,而且被计算的对象在体系中数目很少甚至就1个的情况、扩散势垒本身又相对较高的情况,需要相当相当长时间的MD才靠谱。
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