水盒子中三氯甲烷不分散，怎样让其分散

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-22 19:28:29

我在用环肽纳米管做三氯甲烷和水的分离，但是在水盒子中三氯甲烷不分散，个人认为原因是三氯甲烷和水不互溶，在水中溶解度很小，为了让其分散开，我想可以加压，但是我不会加压，应该怎么做呢，请大神告知。

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-22 21:10:22

一开始建模时候就没让三氯甲烷和水均匀混合？

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-22 22:01:23

sobereva 发表于 2016-9-22 21:10
一开始建模时候就没让三氯甲烷和水均匀混合？

我个人认为开始的时候并不能让其混合均匀吧，因为要放进去的三氯甲烷数不止一个，所以是通过建立了三氯甲烷盒子，将其放到水盒子跑平衡的，结果就不分散

ruanyang · 发表于 Post on 2016-9-22 22:26:41

用packmol建模，然后跑一段时间的NPT应该就OK了。你可以参考苏大樊建芬老师的相关工作，她是做环肽纳米管的！（我想你应该也是苏大的吧）

xujian · 发表于 Post on 2016-9-23 08:29:50

给每个分子施加相同的力就是加压

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-23 10:11:54

zhaoxin 发表于 2016-9-22 22:01
我个人认为开始的时候并不能让其混合均匀吧，因为要放进去的三氯甲烷数不止一个，所以是通过建立了三氯甲 ...

靠packmol就能均匀混合
一开始就抱团，相互又不互溶，显然怎么跑也跑不开。若是指给盒子加压，根本无济于事。

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-23 12:23:08

sobereva 发表于 2016-9-23 10:11
靠packmol就能均匀混合
一开始就抱团，相互又不互溶，显然怎么跑也跑不开。若是指给盒子加压，根本无 ...

谢谢老师。但是packmol是什么，我目前还未接触到，请问是NAMD里面的吗？

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-23 12:24:03

ruanyang 发表于 2016-9-22 22:26
用packmol建模，然后跑一段时间的NPT应该就OK了。你可以参考苏大樊建芬老师的相关工作，她是做环肽纳米管的 ...

谢谢您。我就是樊老师课题组的，能否请问packmol是什么呢

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-23 12:24:28

xujian 发表于 2016-9-23 08:29
给每个分子施加相同的力就是加压

谢谢师兄啦，我试试看

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-23 15:00:38

zhaoxin 发表于 2016-9-23 12:23
谢谢老师。但是packmol是什么，我目前还未接触到，请问是NAMD里面的吗？

http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/home.shtml
这是很常用的产生模拟体系初始结构的工具

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-23 15:58:56

sobereva 发表于 2016-9-23 15:00
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/home.shtml
这是很常用的产生模拟体系初始结构的工具

谢谢老师，我已经找到了，但目前我的电脑的还安装不了，不知道是怎么回事，要下载编辑器的，我下了但是打不开，麻烦老师了，我自己再试试

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-24 12:52:02

zhaoxin 发表于 2016-9-23 15:58
谢谢老师，我已经找到了，但目前我的电脑的还安装不了，不知道是怎么回事，要下载编辑器的，我下了但是打 ...

以前写的编译方法，对于最新版本是否依然适合不清楚。

Linux
打开Makefile，改成
FORTRAN = ifort
#
FORTRAN_PARALLEL = gfortran
然后运行make即编译串行版本。运行诸如./packmol < PA34_2.inp即可

如果要编译并行版本，则运行make parallel。并行版本只能用gfortran，ifort通不过。编译版本前无需先编译串行版本。如果编译的是并行版本，则不能当成串行版本用。使用前把ppackmol脚本里的path改为./，然后把ppackmol和编译出的packmol可执行文件放到一起，运行诸如
./ppackmol 4 PA34_2.inp
代表使用4核

Windows
Windows下编译串行版本，把以下文件加入到工程，直接编译即可。IVF和CVF都一样
cenmass.f
feasy.f
fgcommon.f
geasy.f
gencan.f
gencan.i
heuristics.f
initial.f
io.f
molpa.i
packmolnew.f
polartocart.f
sizes.i

使用很简单，教程就看packmol官网上的例子和手册就足够了。

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-10-8 20:46:50

ruanyang 发表于 2016-9-22 22:26
用packmol建模，然后跑一段时间的NPT应该就OK了。你可以参考苏大樊建芬老师的相关工作，她是做环肽纳米管的 ...

您好，请问我用packmol得到了pdb文件，但是由于是混合物我不知道该如何转换成psf,请问您知道吗？

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