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[GROMACS] 使用gromacs跑nvt后固定住的分子仍有位置移动该怎么解决?

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用gromacs跑nvt时,mdp文件中(使用freezegrps  = ETH   freezedim   = Y Y Y)固定一组名为ETH的分子(包含两条PE链)。结果gro文件中显示其中一条PE链仍有位置移动,该怎么解决这个问题呢?
检查了分子命名:两条PE链均属于ETH组的分子。
正方形盒子边长为12nm,PE链有两千两百多个原子,加上水分子后整个体系有十七万多个原子。

PEwatermax.png (262.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

跑nvt前

跑nvt前

nvt.png (99.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

跑nvt后

跑nvt后

nvt1.mdp

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发表于 Post on 2023-11-17 03:13:08 | 只看该作者 Only view this author
fourierspacing  = 1.2完全离谱。先解决硬伤再说别的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-20 17:03:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-17 03:13
fourierspacing  = 1.2完全离谱。先解决硬伤再说别的

好的谢谢老师的回复,万分感谢

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