柔性扫描二面角出错求助

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-9-25 09:53:23

想扫描氢键复合物的二面角（Fig1中的二面角15-16-18-19），但是一直出错，错误信息如下New curvilinear step not converged.
OIter  1 Iteration    1 Try  1 RMS(Cart)=  0.14341006 RMS(Int)=  0.36222955
OIter  1 Iteration    2 Try  1 RMS(Cart)=  2.15597401 RMS(Int)=  1.05947003
Old curvilinear step not converged, using linear step
OIter  1 Iteration    1 Try  1 RMS(Cart)=  0.01150926 RMS(Int)=  0.00181033
OIter  1 Iteration    2 Try  1 RMS(Cart)=  0.00157782 RMS(Int)=  0.00054956
OIter  1 Iteration    3 Try  1 RMS(Cart)=  0.00054474 RMS(Int)=  0.00096443
OIter  1 Iteration    4 Try  1 RMS(Cart)=  0.00016849 RMS(Int)=  0.00166990
OIter  1 Iteration    5 Try  1 RMS(Cart)=  0.00068048 RMS(Int)=  0.00308653
Old curvilinear step not converged, using linear step
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /gpfs1/phy/liuyf/software/g09/l103.exe at Sat Sep 24 21:33:09 2016.

之前问了sob老师，老师说如果出问题的话就在36和23之间手动添加冗余内坐标，我添加后的输入文件如下

%Nproc=16
%mem=16Gb
%chk=scan.chk
#p opt=modredundant b3lyp/6-31g* scrf=(pcm,solvent=methanol) nosymm

scan

0 1
C
C                1          B1
C                2          B2 1          A1
C                3          B3 2          A2 1          D1 0
C                4          B4 3          A3 2          D2 0
C                1          B5 2          A4 3          D3 0
O                6          B6 1          A5 2          D4 0
C                3          B7 2          A6 1          D5 0
C                8          B8 3          A7 2          D6 0
C                9          B9 8          A8 3          D7 0
C                10          B10 9          A9 8          D8 0
S                8          B11 3          A10 2          D9 0
C                11          B12 10          A11 9          D10 0
C                13          B13 11          A12 10          D11 0
C                14          B14 13          A13 11          D12 0
C                15          B15 14          A14 13          D13 0
S                13          B16 11          A15 10          D14 0
C                16          B17 15          A16 14          D15 0
C                18          B18 16          A17 15          D16 0
C                19          B19 18          A18 16          D17 0
C                19          B20 18          A19 16          D18 0
N                20          B21 19          A20 18          D19 0
N                21          B22 19          A21 18          D20 0
H                1          B23 2          A22 3          D21 0
H                2          B24 1          A23 6          D22 0
H                4          B25 3          A24 2          D23 0
H                5          B26 4          A25 3          D24 0
H                7          B27 6          A26 1          D25 0
H                9          B28 8          A27 3          D26 0
H                10          B29 9          A28 8          D27 0
H                14          B30 13          A29 11          D28 0
H                15          B31 14          A30 13          D29 0
H                18          B32 16          A31 15          D30 0
O                23          B33 21          A32 19          D31 0
C                34          B34 23          A33 21          D32 0
H                34          B35 23          A34 21          D33 0
H                35          B36 34          A35 23          D34 0
H                35          B37 34          A36 23          D35 0
H                35          B38 34          A37 23          D36 0

B1          1.38554902
B2          1.40065446
B3          1.39913451
B4          1.38744761
B5          1.39412643
B6          1.35869679
B7          1.46732930
B8          1.37289854
B9          1.41514808
B10          1.37332043
B11          1.73385746
B12          1.44588901
B13          1.38590200
B14          1.39996575
B15          1.38746201
B16          1.71932601
B17          1.42335022
B18          1.36503765
B19          1.42636198
B20          1.42730187
B21          1.15125238
B22          1.15059976
B23          1.08307775
B24          1.08468089
B25          1.08374379
B26          1.08467516
B27          0.96329317
B28          1.08168906
B29          1.08285608
B30          1.08187987
B31          1.08018497
B32          1.08611951
B33          2.94509520
B34          1.41813851
B35          0.96519548
B36          1.08987219
B37          1.09463203
B38          1.09461470
A1          121.11282576
A2          118.31236999
A3          121.00183365
A4          119.78365077
A5          117.47656071
A6          121.54852298
A7          128.32609203
A8          113.27890409
A9          113.12867386
A10       120.85931256
A11       128.52378753
A12       127.79151868
A13       113.27495689
A14       113.10973867
A15       121.02840203
A16       131.48597072
A17       128.46604694
A18       124.32945022
A19       119.89176140
A20       179.68646281
A21       179.47845824
A22       120.99618424
A23       118.98025674
A24       119.85167744
A25       120.14747827
A26       110.30970991
A27       122.98402311
A28       123.70990219
A29       123.00775803
A30       123.13519565
A31       116.30253326
A32       156.19454200
A33          91.31765986
A34          15.59437137
A35       107.57784501
A36       111.63401619
A37       111.65095978
D1          -0.06739531
D2          -0.27965412
D3          0.22724567
D4       -179.95483134
D5       -179.98494424
D6          151.09611551
D7          179.40784180
D8          -0.01712778
D9          -30.06491978
D10       179.24249252
D11       -167.54067511
D12       179.83938190
D13          0.00741719
D14          12.77280708
D15       -179.95059616
D16          -0.40148058
D17          0.19580046
D18       -179.56112117
D19       178.71360652
D20       165.84537204
D21       179.71847439
D22       -178.70548651
D23       178.45683547
D24       179.59712101
D25       179.34020732
D26          -2.44532808
D27       178.36037497
D28          0.59835402
D29       -179.52279798
D30       179.81082642
D31          -6.87500324
D32          -5.15744268
D33       178.08543723
D34       177.88116400
D35          58.86336895
D36       -63.06300075

23 36

D 15 16 19 18 S 36 10.00

这样算出来的结果只是一个优化的结构，并没有进行扫描，这是我冗余内坐标添加错了吗？还请各位老师指点一二，如何才能正确的扫描这个二面角？？

一颗赛艇 · 发表于 Post on 2016-9-25 11:35:48

你看看你要扫描的二面角有没有和其他内坐标冲突，不要二面角一变就带着其他坐标变，试试。

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-9-25 11:58:06

一颗赛艇发表于 2016-9-25 11:35
你看看你要扫描的二面角有没有和其他内坐标冲突，不要二面角一变就带着其他坐标变，试试。

非常感谢您的帮助，我是个初学者，没太明白您的意思，您能说的具体点吗？？
我把十五号原子固定做扫描，貌似更不对了，错误信息如下：
New curvilinear step failed, DQL= 5.09D+00 SP=-3.02D-02.
New curvilinear step failed, DQL= 4.59D+00 SP=-1.09D-02.
OIter  1 Iteration    1 Try  1 RMS(Cart)=  2.63714143 RMS(Int)=  1.51456319
OIter  1 Iteration    2 Try  1 RMS(Cart)=  5.58288417 RMS(Int)=  4.89565626
Old curvilinear step not converged, using linear step
OIter  1 Iteration    1 Try  1 RMS(Cart)=  0.00166421 RMS(Int)=  0.00113437
OIter  1 Iteration    2 Try  1 RMS(Cart)=  0.00146117 RMS(Int)=  0.00095050
OIter  1 Iteration    3 Try  1 RMS(Cart)=  0.00107397 RMS(Int)=  0.00104992
OIter  1 Iteration    4 Try  1 RMS(Cart)=  0.00110599 RMS(Int)=  0.00120916
Old curvilinear step not converged, using linear step
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /gpfs1/phy/liuyf/software/g09/l103.exe at Sun Sep 25 11:10:22 2016.
Job cpu time:  0 days  2 hours 38 minutes 13.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 217 Int=    0 D2E=    0 Chk=    29 Scr=    2

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-25 14:52:18

你添加冗余内坐标做法不对。

你先把你最当初柔性扫描时候的输入和输出文件压缩后传上来（如果超过2MB，传到网盘上）

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-9-25 16:48:36

sobereva 发表于 2016-9-25 14:52
你添加冗余内坐标做法不对。

你先把你最当初柔性扫描时候的输入和输出文件压缩后传上来（如果超过2MB， ...

多谢sob老师指点，我把最初的输入输出文件打包在附件里了，麻烦您了。

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-25 21:07:50

你要扫15-16-18-19，怎么写的是D 15 16 19 18 S 36 10.00？
要扫的二面角不写对了肯定会导致

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-9-26 10:36:02

sobereva 发表于 2016-9-25 21:07
你要扫15-16-18-19，怎么写的是D 15 16 19 18 S 36 10.00？
要扫的二面角不写对了肯定会导致

不好意思，是我的失误，我应该更细心点的，给您添麻烦了。
附件里是正确的二面角扫描的输入输出文件，麻烦您了。

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-26 15:24:54

你可以把旁边那个小分子删了再试。那个东西不会明显影响你扫描二面角的结果，因为离得很远。

删了那个之后，我用PM6粗略算了一下，能正常扫描

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-9-26 15:52:21

sobereva 发表于 2016-9-26 15:24
你可以把旁边那个小分子删了再试。那个东西不会明显影响你扫描二面角的结果，因为离得很远。

删了那个之 ...

单体扫描已经扫过了，没有问题。（基态不会发生扭转，激发态会扭转）
扫这个主要是想看看分子间氢键对这个分子的激发态扭转有没有影响，比如会不会阻碍分子的扭转。
sob老师这样说，那应该就没有大的影响，非常感谢老师，麻烦您了。

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-9-28 21:47:37

sobereva 发表于 2016-9-26 15:24
你可以把旁边那个小分子删了再试。那个东西不会明显影响你扫描二面角的结果，因为离得很远。

删了那个之 ...

sob老师，还是这个分子，我把旁边的甲醇换成丁醇，扫描同样的二面角，就能正常结束。这是不是因为这个分子与丁醇形成的分子间氢键弱，对这个二面角几乎没有影响，而甲醇形成的氢键强，对二面角扭转有一定的影响呢？？
扫描的时候遇到这种问题还有其他的可以尝试的解决办法吗？
又麻烦您了。

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-28 22:16:23

旺旺雪饼发表于 2016-9-28 21:47
sob老师，还是这个分子，我把旁边的甲醇换成丁醇，扫描同样的二面角，就能正常结束。这是不是因为这个分 ...

丁醇能扫描甲醇扫描不了属于数值巧合，还牵扯程序bug问题。没有任何物理意义上的东西在里面。

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2016-9-29 14:54:56

sobereva 发表于 2016-9-28 22:16
丁醇能扫描甲醇扫描不了属于数值巧合，还牵扯程序bug问题。没有任何物理意义上的东西在里面。

明白谢谢sob老师

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[Gaussian/gview] 柔性扫描二面角出错求助

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