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[GROMACS] 求助GROMACS模拟六元环单一有机物体系出现npt过程崩溃的问题

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楼主
老师们好,最近在尝试对单一组分的液相有机物体系进行分子动力学模拟,尝试了链烷烃和环烷烃,使用了gromacs自带的oplsaa全原子力场与基于ligpargen产生的itp与pdb文件。
我的模拟流程是em、nvt1、npt1、npt2后读取密度,但发现对于含有六元环的环烷烃会在npt2过程中出现关于键角的lincwarning。
尝试了减少分子个数,添加模拟退火,删除constraint,但都会崩溃,看了10个分子的xtc文件发现会存在分子瞬移,请问老师们这个是什么原因呢?
附件是我用的mdp和结构文件

mini.mdp

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mix.inp

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npt1.mdp

2.41 KB, 阅读权限: 10, 下载次数 Times of downloads: 4

npt2.mdp

2.29 KB, 阅读权限: 10, 下载次数 Times of downloads: 2

nvt1 (1).mdp

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S25.itp

14.07 KB, 阅读权限: 10, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2023-11-21 02:45:03 | 只看该作者 Only view this author
用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生基于GAFF力场和RESP电荷的拓扑文件,如果到时候还有问题,拓扑文件连同gro文件一起压缩后上传

em之后直接NPT就完了,NVT毫无必要。说清楚两个NPT各是干嘛
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-21 10:02:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-21 02:45
用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生基于GAFF力场和RESP电荷的拓扑文件,如果到时候还有问题 ...

sob老师好,两个npt主要是想第一个用来稳定至平衡,第二个用PR控压更好的控制压力来计算密度

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