如何进行部分蛋白质结构的构象搜索

chuxuezhe

各位老师好，蛋白质与小分子的结合区域存在很大的柔性，因此需要考虑不同结构蛋白质与小分子的结合特性。针对蛋白质某一个部分的采样，想到了以下几个办法：
1.蛋白质分子动力学模拟，目标区域的RMSD聚类，然后手动筛选结构
2.通过动力学模拟，看看哪些结构变化比较大，然后筛选CV进行meta的增强采样

问题：
1.上面的方法比较耗时或者CV选择不合理做不出来的问题。
2.小分子的构象搜索或者是蒙特卡洛的方法不能处理几十个氨基酸的构象问题。
3.有类似的训练的神经网络的文章，但是总感觉不是这么的靠谱。

因此请教各位老师，有没有软件和教程、文献，能够固定大部分蛋白质结构，然后就对部分结构进行采样，然后根据不同结构的能量进行比例的计算。
谢谢老师指导。