如何构建kinetic model ？

sxwen

各位老师同学好：
我使用Amber对四个蛋白A-核酸-蛋白B体系进行了模拟，想要研究其中B结合A时，A的构象变化。
审稿人的给的意见如下：

And theyanalyzed how Acrs bind to Cas9 protein. But they didn't show the exactconformational transition for Cas9 to be activated and how Acrs interfere withthat. The researchers are advised to use kinetic models to reveal the actual transition process.

请问各位，kinetic model和moleculer dynamics model 有什么区别？由于我的体系比较大，时间比较紧张，所以有那些节约时间的kinetic model构建方法？
PS：我使用Amber模拟得到的轨迹，有想过使用教程http://ambermd.org/tutorials/sebastian/index_future_eliz.php去构建(PyEMMA，构建马尔科夫链)，但是老师说这个太费时间了，但也没有说其他方法。恳请各位帮助（12.7就要重新提交稿子了）。如果没有办法做，我怎么回复审稿人比较好呢？