gmx跑电解质体系的碱金属离子LJ参数选取问题

wangyueda · 发表于 Post on 2023-11-30 23:28:24

请问下各位老师，我用gmx跑电解质体系经典MD（力场GAFF）的时候需要确定体系中碱金属离子（Li+,Na+等）的LJ参数，发现文献(J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 6, 1499–1509)中的数值被引用较多，
但是原文Table 2中碱金属离子的ε都为0.0005 kcal/mol，这个合理吗？是否太小？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-1 00:09:54

碱金属阳离子没有价电子，极化率非常小，这种数值没什么必然的异常

wangyueda · 发表于 Post on 2023-12-1 00:41:53

sobereva 发表于 2023-12-1 00:09
碱金属阳离子没有价电子，极化率非常小，这种数值没什么必然的异常

好的，谢谢卢老师。同样的对于Na+,这篇文章(J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 677−687)的ε则大得多，不知道对于这些碱金属离子LJ参数有啥选取规则没？
还是说跑完以后把相关的参数跟实验对照，哪个符合的好就用哪个

dumsky2019928 · 发表于 Post on 2023-12-1 03:39:07

建议使用merz离子力场，amber官网上给了参考文献https://ambermd.org/AmberModels_ions.php

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-1 05:18:02

wangyueda 发表于 2023-12-1 00:41
好的，谢谢卢老师。同样的对于Na+,这篇文章(J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 677−687)的ε则大 ...

不同文献里的参数的主要应用场合往往不一样，必须看原文弄清楚其参数适合研究什么情况，跟自己情况吻合的才适合用。Merz的离子力场面向不同的属性都拟合了不同的参数，而且数值往往相差还很多。由于原子电荷+LJ势这种模型非常简单，不可能有一套参数能把所有问题都描述得非常理想。

wangyueda · 发表于 Post on 2023-12-1 11:57:47

dumsky2019928 发表于 2023-12-1 03:39
建议使用merz离子力场，amber官网上给了参考文献https://ambermd.org/AmberModels_ions.php

好的，谢谢！

wangyueda · 发表于 Post on 2023-12-1 12:04:43

sobereva 发表于 2023-12-1 05:18
不同文献里的参数的主要应用场合往往不一样，必须看原文弄清楚其参数适合研究什么情况，跟自己情况吻合的 ...

好的，谢谢卢老师。还有一个小问题想请教您，就是Merz文章(JCTC, 2015, 11(4): 1645-1657)中给的LJ参数为平衡距离Rmin而不是vdW作用为0时的σ，在实际使用过程中是不是得转换一下？
（σ=Rmin/(2^(1/6))）

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-2 11:03:47

wangyueda 发表于 2023-12-1 12:04
好的，谢谢卢老师。还有一个小问题想请教您，就是Merz文章(JCTC, 2015, 11(4): 1645-1657)中给的LJ参数为 ...

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[综合交流] gmx跑电解质体系的碱金属离子LJ参数选取问题