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楼主 Author: 1739140886
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[GROMACS] 如何生成OPLS-AA力场的拓扑文件

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发表于 Post on 2023-12-6 23:31:41 | 只看该作者 Only view this author
1739140886 发表于 2023-12-6 16:26
找到原因了,是因为AUTOFF生成的1.14xCM1A-LBCC电荷不正确导致的,部分原子被分配了明显不合理的电荷(± ...

特殊的成键形式的话CM1A电荷确实很可能不可靠,对于缺失的二面角,如果你觉得自由旋转是合理的(转动能垒很低),那可以把刚性约束删除,如果需要保持当前的二面角不变,就保留。angle和bond项缺失的时候,程序会自动以当前结构的键长、键角作为平衡的键长、键角,并且将力常数设置得很大将结构冻结住。你看到angle项的结尾几个参数力常数都特别大基本就是程序自动补的。

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发表于 Post on 2024-1-5 14:05:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-2 11:25
这种体系非常适合GAFF,用sobtop创建拓扑文件极其快捷简单,看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的巨量 ...

老师您好,参加了您的gromacs培训班,受益匪浅。GROMACS的使用基础/力场文件中,第48页PPT(不同力场的comb-rule)和55,56页PPT(决定非键参数的规则),您能分享一下彩色版的这三页PPT吗,非常感谢🙏🏻

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发表于 Post on 2024-1-6 17:50:12 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2024-1-5 14:05
老师您好,参加了您的gromacs培训班,受益匪浅。GROMACS的使用基础/力场文件中,第48页PPT(不同力场的com ...







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发表于 Post on 2024-1-6 18:33:42 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2024-3-7 16:58:54 | 只看该作者 Only view this author
1739140886 发表于 2023-12-5 10:01
谢谢sob老师回复,我还是尝试用GAFF吧!

请问gromacs里面怎么用gaff呢,是不是要下载力场包粘贴进力场文件里面

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发表于 Post on 2024-10-25 09:27:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-2 11:25
这种体系非常适合GAFF,用sobtop创建拓扑文件极其快捷简单,看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的巨量 ...

sob老师,这种体系我可以用GAFF力场去生成小分子top,生产模拟使用OPLS-AA力场嘛

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发表于 Post on 2024-10-25 15:45:22 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-10-25 09:27
sob老师,这种体系我可以用GAFF力场去生成小分子top,生产模拟使用OPLS-AA力场嘛

不能
干嘛非要用OPLS-AA,明明GAFF就表现很好。OPLS-AA能模拟的问题GAFF+AMBER都能模拟
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发表于 Post on 2024-10-30 10:06:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-25 15:45
不能
干嘛非要用OPLS-AA,明明GAFF就表现很好。OPLS-AA能模拟的问题GAFF+AMBER都能模拟

好的,谢谢sob老师

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