GROMACS如何旋转模拟后的体系（轨迹）？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-12-5 15:28:38

如题。
各位前辈好！

下图是模拟结束后我的体系示意图。
我想怎么操作这个轨迹，使得模拟后的这种倾斜的纳米片能够与盒子的某个方向平行呢？

（主要是为了后续好分析）
谢谢！！

pal · 发表于 Post on 2023-12-5 16:25:55

我去做的话，就先得到纳米片的法向量，然后根据法向量和想要平行的平面得到旋转矩阵，最后所有坐标乘以旋转矩阵。所以为啥不一开始的时候就先把体系旋转好呢

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-12-5 16:36:41

pal 发表于 2023-12-5 16:25
我去做的话，就先得到纳米片的法向量，然后根据法向量和想要平行的平面得到旋转矩阵，最后所有坐标乘以旋转 ...

在跑的过程中会动。

如果处理一帧构型，我觉得是可以用GROMACS自带的命令搞的，现在关键是我想把整个轨迹旋转以下，使得最后得到的MD.gro平行于盒子XYZ中的一个

pal · 发表于 Post on 2023-12-5 16:52:12

社会主义小战士发表于 2023-12-5 16:36
在跑的过程中会动。

如果处理一帧构型，我觉得是可以用GROMACS自带的命令搞的，现在关键是我想把整个 ...

至少逐帧去按照最后的旋转能做到

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-12-5 17:06:26

pal 发表于 2023-12-5 16:52
至少逐帧去按照最后的旋转能做到

好的，谢谢大佬！

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2026-1-6 21:17:47

pal 发表于 2023-12-5 16:25
我去做的话，就先得到纳米片的法向量，然后根据法向量和想要平行的平面得到旋转矩阵，最后所有坐标乘以旋转 ...

单纯对原子坐标施变换矩阵的思路在孤立体系是可行的，在周期性体系会有问题吧？用ppt花两分钟画了一下，图中点虚线是PBC、黑实线是盒子、蓝圆是分子，以盒子中心为轴逆时针旋转45度以后相邻周期镜像会有重叠冲突：

我觉得还是得像论坛里经常讨论的晶格正交化那样，对三个晶格平移矢量做线性变换使目标晶向平行于分子排布，但这样就很难避开扩胞带来的盒子体积乃至原子数增加了。

pal · 发表于 Post on 2026-1-7 09:25:17

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-1-6 21:17
单纯对原子坐标施变换矩阵的思路在孤立体系是可行的，在周期性体系会有问题吧？用ppt花两分钟画了一下， ...

你说的对，但是对于这个体系去做正交化，不如在分析的时候重新定义三个轴向

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