径向分布函数的异常现象

tzweir · 发表于 Post on 2016-10-10 11:09:37

本帖最后由 tzweir 于 2016-10-10 11:10 编辑

用Amber16跑纤维素晶体的尿素水溶液模型，用的GLYCAM06j力场赋予参数。能量最小化后100ps NVT加热到298K，再150ps NPT，最后再2ns NVT作为主要的数据分析。对轨迹作径向分布分析，Mask 1为溶剂水的H和O及尿素的C,H,N,O，Mask 2为纤维素上的C1,C2,C3,C4,C5,C6,O1,O2,O3,O4,O5,O6。

结果发现Mask 1的所有对Mask 2的C(X)径向函数都是比较正常的，如下图所示。

但是Mask 1对Mask 2的O(X)有个别曲线异常，特别是urea-H to cell-O1、wat-H to cell-O1及wat-H to cell-O2，都在1A以下出现了比较强的峰。这些峰的键长即使是对于化学键来说也是太短了，不知道这个该怎么解释，望各位大神帮忙看一下，谢谢！

tzweir · 发表于 Post on 2016-10-10 12:09:12

本帖最后由 tzweir 于 2016-10-10 12:11 编辑

好像我自己找到原因了，在进行径向分布分析之前，我加了一句rotate :0GB,4GB,ROH axis0 :91@C4 axis1 :97@C4 6.5，仅对solute作了旋转，而solvent没有被旋转，结果就全乱套了。原因很细微，但是影响非常大啊.....找了好久才找到

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[Amber] 径向分布函数的异常现象