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[Amber] Amber中如何加入非水溶剂

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在Amber进行模拟时,如何加入显式非水溶剂做环境?如果用Amber不容易实现,用其他软件、或用隐式模型也可以。

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发表于 Post on 2016-10-13 18:09:43 | 只看该作者 Only view this author
solvatebox命令不仅可以加水,也可以加别的分子,被加入的溶剂分子只要已经载入leap里作为unit出现就可以调用了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-13 18:17:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-13 18:09
solvatebox命令不仅可以加水,也可以加别的分子,被加入的溶剂分子只要已经载入leap里作为unit出现就可以调 ...

谢谢Sob!照此找到相关资料了,学习一下~~

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发表于 Post on 2016-11-19 03:51:58 | 只看该作者 Only view this author
请问是不是要保存成.off文件?
还有这个unit是单独一个分子,还是用packmol做成的分子盒子呢

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发表于 Post on 2016-11-19 12:07:29 | 只看该作者 Only view this author
heroooo 发表于 2016-11-19 03:51
请问是不是要保存成.off文件?
还有这个unit是单独一个分子,还是用packmol做成的分子盒子呢

单独的溶剂分子
不知道和off有何联系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-11-22 05:46:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-19 12:07
单独的溶剂分子
不知道和off有何联系

谢谢!

看了几个贴子,好多都是packmol做个盒子,然后跑下MD优化盒子。然后把这个优化过的盒子用来solvatebox其他PDB文件。这个链接用的是XX.off 文件。http://www.ub.edu/cbdd/?q=content/organic-solvent-boxes

是不是建非水溶剂盒子有两种方式,一种如水,乙醇等简单纯溶剂,就用保存的unit就可以。另一种是混合溶剂盒子醇水混合物,或者像离子液体,本身结构需要优化,就用packmol+优化,保存。进一步用来做其他溶质的盒子。

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发表于 Post on 2016-11-22 06:28:24 | 只看该作者 Only view this author
混合溶剂的话,直接用 solvateOct 似乎没法加入两种分子。所以只能先把多个“混合好”的溶剂分子作为一个“对象(object)”用于 solvateOct 的溶剂化呗。

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发表于 Post on 2016-11-22 08:10:39 | 只看该作者 Only view this author
heroooo 发表于 2016-11-22 05:46
谢谢!

看了几个贴子,好多都是packmol做个盒子,然后跑下MD优化盒子。然后把这个优化过的盒子用来sol ...



你也可以直接就把溶质+多种溶剂分子用packmol建立盒子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-2-28 21:36:51 | 只看该作者 Only view this author
请问您是如何给溶质加混合溶剂的?可否分享一下?

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发表于 Post on 2017-3-1 06:11:54 | 只看该作者 Only view this author
DSL 发表于 2017-2-28 21:36
请问您是如何给溶质加混合溶剂的?可否分享一下?

用packmol极为容易
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发表于 Post on 2017-3-1 09:03:52 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢,我再学习一下

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发表于 Post on 2017-4-22 14:51:33 | 只看该作者 Only view this author
AMBER14中有甲醇、氯仿、N-甲基乙酰胺、尿素这几种溶剂盒子,可以直接用。

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发表于 Post on 2020-11-9 17:17:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-13 18:09
solvatebox命令不仅可以加水,也可以加别的分子,被加入的溶剂分子只要已经载入leap里作为unit出现就可以调 ...

请问老师,那我如何使溶剂分子可以作为unit出现呢?

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