关于同源二聚体间定义二硫键的问题

MengJiangnan · 发表于 Post on 2024-1-20 15:28:13

在使用gromacs时想对同源二聚体定义二硫键，但发现对应的巯基在两条链的itp中序号都为904，我该如何在top文件中添加Bond的定义，如果采用对应gro文件中的编号，就会报错超出键的范围，请教各位该如何解决。
ERROR 1 [file topol.top, line 29]:  Atom index (2789) in bonds out of bounds (1-1885).
  This probably means that you have inserted topology section "bonds"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "bonds" section to the right molecule.

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-1-20 15:51:24

你直接pdb2gmx的时候 -merge 设置就好了

MengJiangnan · 发表于 Post on 2024-1-22 08:11:06

喵星大佬发表于 2024-1-20 15:51
你直接pdb2gmx的时候 -merge 设置就好了

merge的话会让我的两条链看作一条链，我在vmd上看他直接是少了1/4的结构啊

MengJiangnan · 发表于 Post on 2024-1-22 08:13:38

MengJiangnan 发表于 2024-1-22 08:11
merge的话会让我的两条链看作一条链，我在vmd上看他直接是少了1/4的结构啊

但是pymol却是显示的，是否应该以gro文件坐标为准？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-1-22 09:58:06

MengJiangnan 发表于 2024-1-22 08:11
merge的话会让我的两条链看作一条链，我在vmd上看他直接是少了1/4的结构啊

只能看成一条链，pdb2gmx的二硫键只能在同一个[ moleculetype ]之内设置

MengJiangnan · 发表于 Post on 2024-1-22 13:30:08

喵星大佬发表于 2024-1-22 09:58
只能看成一条链，pdb2gmx的二硫键只能在同一个[ moleculetype ]之内设置

好的好的，谢谢大佬

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