几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

GoldenBaby · 发表于 Post on 2023-2-3 16:23:08

请问sob老师，ATB生成带苯环的分子，苯环是不是没法用联合原子模型。

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-4 05:19:02

GoldenBaby 发表于 2023-2-3 16:23
请问sob老师，ATB生成带苯环的分子，苯环是不是没法用联合原子模型。

如果没返回来联合原子模型的拓扑文件那就不行

Smes · 发表于 Post on 2023-3-28 23:41:28

sobereva 发表于 2014-12-18 19:09
自己找的小分子不要用pdb2gmx来产生拓扑文件，用我文中的途径产生.itp文件然后include到主.top文件是最好的 ...

老师我是小白，我想通过MD计算锂离子电池电解液锂离子扩散系数还有模拟锂离子溶剂化结构。
目前我做的流程是1.分别把溶剂分子，锂离子，锂盐阴离子分别优化(锂离子直接计算单点)，频率，得到力常数。2.计算上述结构的RESP电荷。3.通过sobtop得到以上各结构的itp文件。4.通过packmol建立以上结构混合的盒子。
请问老师，接下来我怎样才能得到盒子对应的TOP文件和gro文件，并让MD跑起来呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-29 04:50:55

Smes 发表于 2023-3-28 23:41
老师我是小白，我想通过MD计算锂离子电池电解液锂离子扩散系数还有模拟锂离子溶剂化结构。
目前我做的流 ...

一般没必要算力常数，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11

packmol构建模拟体系的结构的pdb文件，直接可以作为grompp的输入文件，不需要刻意转成gro

整个体系的top文件自己手写，很简单。注意[molecules]和整体结构文件里的分子数目和顺序必须对应。

奥利给 · 发表于 Post on 2023-6-7 21:37:45

牧生发表于 2021-7-9 13:30
非常感谢大佬的回答。
我已经重新修改了，这里以十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）和对苯磺酸钠（STS）为例
...

老师好，根据你的做法，已经成功可以继续往下运行了，但是出现了好多warning，如图1所示，这些是不是可以直接用-maxwarn 跳过。
同时又出现了新的问题，如图2所示，请问这种问题老师有没有遇到过，该怎么解决？

牧生 · 发表于 Post on 2023-6-8 06:46:49

奥利给发表于 2023-6-7 21:37
老师好，根据你的做法，已经成功可以继续往下运行了，但是出现了好多warning，如图1所示，这些是不是可以 ...

我以前用过opls，但现在已经不推荐opls力场了。amber+gaff力场才是我的首选了，用Multiwfn计算RESP电荷加入小分子里面，才是最最正规的做法。

你的提示里面，原子类型有重复，你自己看一下，是不是参数都一样的，如果一样，就可以忽略，如果不一样，就要自己改编号了。。电荷如果偏离实际的净电荷很少，可以忽略该提示，或者手动把这些电荷分配到别的原子上去。

奥利给 · 发表于 Post on 2023-6-8 10:41:09

牧生发表于 2023-6-8 06:46
我以前用过opls，但现在已经不推荐opls力场了。amber+gaff力场才是我的首选了，用Multiwfn计算RESP电荷加 ...

感谢老师的回复，我还有三个问题需要老师帮忙解答一下
1.“是不是参数都一样的” 这地方我不理解，我是根据你的做法，把两个分子都放在一块了，然后分别编号，分别为opls_800-opls_896（顺序没有重新排列），opls_900-opls_942，只修改了前两列，这样做的话有问题吗？
2.itp文件的内容是否要放到top文件里面
3.我这个净电荷是0.005，是不是可以忽略了？如何手动分配电荷呀！

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-6-8 12:04:41

奥利给发表于 2023-6-8 10:41
感谢老师的回复，我还有三个问题需要老师帮忙解答一下
1.“是不是参数都一样的” 这地方我不理解，我 ...

因为LigPargen每次会给opls力场的atomtype重新编号，所以两个分子的原子类型可能编号相同，但是表示的含义不一样，一种办法就是你手动把编号全部改掉，比如把OPLS_***改成你的CE_***。另一种办法就是干脆用我们写的AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom）来生成拓扑文件。
Ligpargen生成的净电荷不为0主要是因为浮点数的数值误差引起的，这个你可以手动把这个0.005的电荷平均分配到几个电荷数较大的原子上面。

奥利给 · 发表于 Post on 2023-6-8 13:32:38

slxc920113 发表于 2023-6-8 12:04
因为LigPargen每次会给opls力场的atomtype重新编号，所以两个分子的原子类型可能编号相同，但是表示的含 ...

感谢老师，用了老师推荐的生成拓扑文件，之前的问题都不会出现了

crush · 发表于 Post on 2024-7-31 18:02:36

sobereva 发表于 2014-12-18 19:09
自己找的小分子不要用pdb2gmx来产生拓扑文件，用我文中的途径产生.itp文件然后include到主.top文件是最好的 ...

请问老师，我的体系是蛋白+小分子复合物（对接得到），如果想构建小分子的拓扑文件，是不是将对接后的小分子结构(mol2格式)提取出来，然后放到sobtop里面产生拓扑文件呢？我看您sobtop教程里面的例子使用的是小分子用高斯优化后的结构

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-1 01:25:35

crush 发表于 2024-7-31 18:02
请问老师，我的体系是蛋白+小分子复合物（对接得到），如果想构建小分子的拓扑文件，是不是将对接后的小 ...

是
sobtop指认GAFF参数不依赖于几何结构，仅依赖于连接关系
算RESP电荷与几何结构有关，看下文末尾的讨论
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

crush · 发表于 Post on 2024-8-1 08:35:34

sobereva 发表于 2024-8-1 01:25
是
sobtop指认GAFF参数不依赖于几何结构，仅依赖于连接关系
算RESP电荷与几何结构有关，看下文末尾的讨 ...

好的，谢谢老师

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