MD 如何固定晶胞参数

janeli1995

文献是对一个pentacene的3*2*2超晶胞进行了MD模拟（然后利用结果计算转移积分），模拟时“the volume (and crystal cell parameters) was kept fixed''
我现在用tinker对anthracene进行MD，有以下几个问题：
1.什么时候需要限制氢原子的键长？看到他的一部分模拟DNA分子的文献里有”Hydrogen atoms were constrained at their ideal bond distance“，对rubrenen和pentacene模拟的文献里没有类似的话，是不需要吗？
2.volume大小和crystal cell parameters如何确定呢？先尝试了用超晶胞的尺寸（a/b/c/alpha/beta/gama）作为周期性边界条件，当加入rattle限制氢原子时提示不满足限制条件，去掉rattle就会一直卡在”Molecular Dynamics Trajectory via Modified Beeman Algorithm“并没有进行计算……然后尝试扩大盒子，晶体分子就会跑散……所以应该怎么确定盒子的大小以及如何固定晶体参数呢？看到网上有说可以用NPT确定，具体应该怎么确定呢？因为试了一下NPT，感觉盒子尺寸也没有太大变化……

谢谢！！！

sobereva

如果你的步长是<=1fs，没必要约束氢的键长。2fs下的模拟一般需要约束。因为氢很轻，涉及的键振动频率很高，不约束的话在步长较大时会造成数值问题。

如果你有实验晶体数据，基于此建立超胞之后，按文献的说法就相当于直接做NVT模拟了。直接扩大盒子显然不行，否则分子必然倾向于往真空区域扩散。NPT就不是保持盒子参数固定了，但用NPT模拟也是合理的。

janeli1995

sobereva 发表于 2016-10-21 00:28
如果你的步长是

您好，谢谢！！
我是在crystallography下载的unit cell，下载页面给出了
a        8.5526 ± 0.0012 Å
b        6.0158 ± 0.0011 Å
c        11.172 ± 0.0016 Å
α        90°
β        124.596 ± 0.015°
γ        90°。
然后我用crystalmaker建立了超晶胞，build supercell →x=3 y=2 z=2, 然后optimize range→show molecular cell（为了不出现fragments)
但是我在tinker的key文件里面输入
a-axis   25.7
b-axis   12.1
c-axis   22.4
ALPHA    90            
BETA        126
GAMMA  90
之后,无论是NVT还是NPT都会卡在Molecular Dynamics Trajectory via Modified Beeman Algorithm很久没有反应，也不提示错误，不知道是什么原因呢？
谢谢您！！！！

sobereva

janeli1995 发表于 2016-10-21 02:50
您好，谢谢！！
我是在crystallography下载的unit cell，下载页面给出了
a        8.5526 ± 0.0012 &Aring;

我不用tinker不清楚

janeli1995

sobereva 发表于 2016-10-21 05:00
我不用tinker不清楚

好的 谢谢啦！