能量分解分析差异

李潞琪 · 发表于 Post on 2024-1-26 15:14:37

老师好，我将Gromacs动力学结果中选了一个二聚体，想研究他们之间的相互作用，一个是用Multiwfn分子力场做的能量分解分析，一个是sobEDA做的，计算级别为m062x-D3/6-311++g(d,p)，但是同一个二聚体却有比较大的差别，想请教老师一般这样的情况是由什么原因导致的

Multiwfn result.rar (249.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobEDA result.rar (129.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

chenzhe · 发表于 Post on 2024-1-26 15:20:38

分子力场本来就粗糙，和DFT结果数值不一样很正常。而且从数值上来说-58.24 kcal/mol和-196.33 kJ/mol这个差距还能接受（对于力场和DFT的差别，如果力场合适、电荷合适，也许还能更接近）

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-27 00:43:25

把单位统一了再比
-58.24 kcal/mol相比于-196.33 kJ/mol对应的-46.92 kcal/mol，根本没相差多少，是非常正常的分子力场和DFT计算结果的差异程度

李潞琪 · 发表于 Post on 2024-1-27 16:20:07

sobereva 发表于 2024-1-27 00:43
把单位统一了再比
-58.24 kcal/mol相比于-196.33 kJ/mol对应的-46.92 kcal/mol，根本没相差多少，是非常正 ...

好的，谢谢老师。
本来做能量分解分析的初衷是想看一下氢键相互作用和pi-pi堆积作用哪个更大，我的想法是，氢键的主要是静电作用，pi-pi堆积作用主要是是色散，想大概比较一下。但是这两个结果产生了相反的结果。

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-28 02:42:46

李潞琪发表于 2024-1-27 16:20
好的，谢谢老师。
本来做能量分解分析的初衷是想看一下氢键相互作用和pi-pi堆积作用哪个更大，我的想法 ...

没看出哪相反了，至少当前没有任何具体信息

氢键的物理成份哪种为重，严重取决于氢键特征，看下文，只能说一般强度的氢键主要是静电作用
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

pi-pi堆积的内在本质本来就是色散吸引，而不是“主要是”，参考下文的讨论
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572（http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html）

李潞琪 · 发表于 Post on 2024-1-30 00:24:04

sobereva 发表于 2024-1-28 02:42
没看出哪相反了，至少当前没有任何具体信息

氢键的物理成份哪种为重，严重取决于氢键特征，看下文，只 ...

抱歉老师我没太懂您的意思，分子力场做的能量分解分析结果是：静电相互作用-40.49kJ/mol，也就是-9.69kcal/mol，色散作用是-323.62kJ/mol，也就是-77.42kcal/mol，色散远大于静电。sobEDA的结果：静电相互作用-180.19kcal/mol，色散作用是-13.24kcal/mol，静电远大于色散。两种能量分解分析结果不一致，所以没办法判断静电作用和色散哪个更大。
再次谢谢老师，给老师添麻烦了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-30 03:58:20

李潞琪发表于 2024-1-30 00:24
抱歉老师我没太懂您的意思，分子力场做的能量分解分析结果是：静电相互作用-40.49kJ/mol，也就是-9.69kca ...

当前是分子间相互作用，应当用sobEDAw（一般推荐结合B3LYP-D3(BJ)），此时不适合用M06-2X-D3，下文明确说了
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

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