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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助: amber如何在特定的PH环境下模拟分子对接的结果
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[Amber] 求助: amber如何在特定的PH环境下模拟分子对接的结果

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nakanosora

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发表于 Post on 2024-1-28 12:57:09 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
本帖最后由 nakanosora 于 2024-2-28 21:41 编辑

amber想要模拟特定PH条件下的蛋白和配体，需要怎么处理？

看到有个教程说是只需要改相应的氨基酸的马甲。
比如想模拟PH=5的条件，就把ASP改为AS4，GLU改为GL4。


那是不是做分子对接前就要先把名字改了，还是做完分子对接后改马甲？


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