求助模拟后配体苯环变形

mimi1999 · 发表于 Post on 2024-1-29 13:51:17

请教大家，模拟做完后提取轨迹中复合物结构，发现配体的苯环变形，配体连接性出问题，检查复合物（或apo蛋白）的力场prmtop文件那步的复合物结构仍是对的，应该是后面能量优化开始报错的，想问一下这个是怎么解决呢，谢谢大家！

mimi1999 · 发表于 Post on 2024-1-29 13:53:29

图片在这里

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-30 04:10:30

mimi1999 发表于 2024-1-29 13:53
图片在这里

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

图片直接贴，仔细看置顶的社员必读贴，不要压缩后当做附件上传。图片尺寸过大导致论坛禁止上传时就先调整好尺寸再贴，横向4000像素的照片严重浪费论坛空间

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[Amber] 求助模拟后配体苯环变形