高斯几何优化出现Error: segmentation violation报错问题请教

dayu8278

各位老师好！

在利用MCPB.py优化蛋白结构时，执行命令：
g16 < KA_Cu_small_opt.com > KA_Cu_small_opt.log

其中KA_Cu_small_opt.com文件内容为：

%Chk=KA_Cu_small_opt.chk
%Mem=30000MB
%NProcShared=8
# B3LYP/6-31G* Geom=PrintInputOrient Integral=(Grid=UltraFine) Opt

CLR

2  2
H          -4.360   23.869   23.336
C          -5.211   24.547   23.266
H          -4.845   25.559   23.438
H          -5.662   24.502   22.275
C          -6.254   24.219   24.328
O          -7.012   23.250   24.188
N          -5.680   24.000   25.688
H          -4.841   24.017   25.877
C          -6.566   23.734   26.812
H          -7.488   23.304   26.422
C          -5.918   22.734   27.766
H          -6.022   21.834   27.420
H          -4.965   22.906   27.827
O          -6.512   22.828   29.062
H          -6.086   22.190   29.639
H          -6.827   24.652   27.338
N          -8.156   25.391   27.641
H          -8.757   24.934   27.229
C          -8.789   26.500   28.344
H          -8.483   27.417   27.840
H          -9.875   26.422   28.299
H          -8.460   26.556   29.382
H          -7.480   18.853   25.115
C          -8.094   18.422   25.906
H          -8.934   17.911   25.436
H          -7.523   17.697   26.486
C          -8.641   19.516   26.828
O          -8.016   20.562   27.000
N          -9.977   19.547   27.172
H         -10.497   18.965   26.811
C         -10.766   20.391   28.062
H         -10.511   21.426   27.833
H         -11.833   20.246   27.895
H         -10.527   20.202   29.108
C          -7.747   22.845   27.021

运行报错：

Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 0000150d1bc4275b
   rdx 0000000000000000, rsp 00007ffdc019f608, rbp 00007ffdc019fb80
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000009f50f, r8  00001505c8aff000
   r9  0000000000000401, r10 0000150d1bc12f60, r11 0000000000000202
   r12 00007ffdc019fbc8, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
   r15 00000000000003e6
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x42520) [0x150d1bc42520]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x150d1bc4275b]
  /home/zyyang/Software/Gaussian/g16/l502.exe() [0x4747c5]
  /home/zyyang/Software/Gaussian/g16/l502.exe() [0x499bda]
  /home/zyyang/Software/Gaussian/g16/l502.exe() [0x51679b]
  /home/zyyang/Software/Gaussian/g16/l502.exe() [0x4f58bf]
  /home/zyyang/Software/Gaussian/g16/l502.exe() [0x41df52]
  /home/zyyang/Software/Gaussian/g16/l502.exe() [0x412b1b]
  /home/zyyang/Software/Gaussian/g16/l502.exe() [0x412a24]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x29d90) [0x150d1bc29d90]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0x80) [0x150d1bc29e40]
  /home/zyyang/Software/Gaussian/g16/l502.exe() [0x40d169]
Aborted (core dumped)


检查log文件最后写着：

Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -743.979016833     A.U. after  129 cycles
NFock=128  Conv=0.19D-03     -V/T= 2.0088
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S2>= 0.7586 S= 0.5043
<L.S>=  0.00000000000
Annihilation of the first spin contaminant:S2 before annihilation     0.7586,   after     0.7501
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/zyyang/Software/Gaussian/g16/l502.exe at Mon Jan 29 16:45:01 2024.
Job cpu time:       0 days  3 hours  1 minutes 19.0 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours 22 minutes 43.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     84 Int=      0 D2E=      0 Chk=      9 Scr=      1

请教各位老师如何解决，谢谢！

博鳌包

scf不收敛，看卢老师帖子  http://sobereva.com/61

博鳌包

博鳌包 发表于 2024-1-29 20:13
scf不收敛，看卢老师帖子  http://sobereva.com/61

而且你给的这个坐标是不全吗，结构就有问题，电荷和自旋多重度就更不用说了